Одинаковой добротой отличался святитель Иннокентий и во всех других сферах деятельности. Как член С.-Петербургской Духовной Консистории, он, насколько это представлялось возможным, старался смягчать строгость, а иногда и суровость старого консисторского суда. Был, например, такой случай. Один из приходских дьяконов Петербурга во время хождения на требы по приходу потерял серебряный позолоченный крест, порученный ему для хранения священником. Дьякона, по сделанному на него доносу, осудили как пьяницу, и консистория приговорила его к тяжелому наказанию. Архимандрит Иннокентий случайно узнал, что несчастный под влиянием страха наказания и помышления о безысходности своего положения пришел в крайнее отчаяние и готов был даже покончить с собой. Сердобольный святитель принял в его деле самое живое участие, и дьякон был прощен⁷⁷.

В 1816 году архимандрит Иннокентий, при сохранении за ним прежних должностей, получил в виде повышения настоятельство в первоклассном Юрьевом монастыре Новгородской губернии. Несмотря на свою древность и важность, монастырь в начале XIX столетия представлял из себя печальное зрелище. Это был не монастырь, а ряд развалин. «Всюду были гнилые крыши, падающие стены, то входы, то проломы, кое-где кельи и церковь были вне ограды, многие постройки разрушены, не имели крыш, изгнили, иные кельи, стоящие на краю горы, покосились и, казалось, вот-вот упадут под гору. После пожаров многие церкви превратились в гнездовья птиц, и весь монастырь был как бы после нашествия неприятеля. Почти никто ни под каким видом не хотел поступать в число братии монастыря, здесь жили присланные под надзор в наказание, не имеющие где главы приклонить, разного рода исключенные»,– описывает состояние Юрьева монастыря архимандрит Фотий⁷⁸.

Расстройство некогда богатого Юрьева монастыря произошло, главным образом, по причине ненормального порядка назначения туда настоятелей. С начала XIX века звание архимандрита Юрьевского монастыря сделалось только почетным титулом, которым награждались ректоры С.-Петербургской Духовной Академии или семинарии, а иногда и ректоры семинарии Новгородской. И те, и другие никогда подолгу не жили в монастыре. Будучи заняты другими должностями, они вынуждены были непосредственное управление монастырем поручать разным наместникам,– людям, мало подготовленным к занятию высокой должности настоятеля.

Всегда деятельный, архимандрит Иннокентий, крайне затруднялся этим новым назначением и не хотел ограничиваться ношением только титула настоятеля. Он хотя бы издали старался оказать своему монастырю какую-нибудь поддержку. Зная о его печальном состоянии, архим. Иннокентий успел выхлопотать у правительства шестнадцать тысяч рублей на ремонт и восстановление некоторых зданий обители⁷⁹. В 1818 году в Юрьевском монастыре началось строительство новых и восстановление старых зданий. Всегда энергичный и заботливый архим. Иннокентий лично хотел надзирать над подготовительными работами и для этой цели воспользовался небольшим, свободным от занятий периодом времени – масляной неделей. Несмотря на свою болезненность, в самую промозглую погоду святитель предпринял в феврале 1818 года, с разрешения и одобрения митрополита Амвросия, поездку в Юрьев монастырь⁸⁰.

Житие преосв. Иннокентия, составленное архим. Фотием.

Автобиография архим. Фотия. Кн. 2. С. 173.

Автобиография архим. Фотия. Кн. 2.

Дело архива С.-Петербургской Духовной семинарии. 18 февраля 1818 г. №20.