В 1972 г. после службы в армии он поступает в Московскую Духовную Семинарию, а после ее окончания — в Московскую Духовную Академию. В 1978 г. он был рукоположен в диакона и почти одновременно с этим защитил кандидатскую диссертацию — «Всероссийский митрополит Макарий и его церковно-просветительская деятельность», после чего был оставлен профессорским стипендиатом на кафедре истории Русской Церкви и помощником инспектора в МДАиС. Тема кандидатской диссертации надолго определила сферу его научных интересов: энциклопедизм выдающегося деятеля книжности XVI в. митрополита Макария невольно отразился на широте и разнообразии тем, которыми занимается отец Макарий.

19 декабря 1979 г. рукоположен в иерея, осенью 1981 г. направлен служить в один из приходов Московской Патриархии в г. Дюссельдорф, в 1982 г. принят стажером в университет Мартина Лютера в г. Галле с утвержденной темой научной работы— «Храм святой равноапостольной Марии Магдалины в Веймаре». За освещение этой темы он получил в 1988 г. степень доктора.

17 марта 1982 г. он был пострижен в монашество с именем Макарий в честь прп. Макария Египетского.

После возвращения в Московскую Духовную Академию в 1985 г. отец Макарий был назначен преподавателем Ветхого Завета и истории Русской Церкви МДАиС, позже — руководителем Регентского класса (впоследствии – Регентской школы) при МДА. Все это время он занимается исследовательской деятельностью, в центре которой — подготовка к изданию новых богослужебных Миней и сбор материалов к канонизации митрополита Макария Московского. Отец Макарий составил подробное житие святителя, а также службу и акафист. Прославление митрополита Макария было совершено на Поместном соборе Русской Православной Церкви в 1988 г.

В 1989-90 годах архимандрит Макарий являлся ректором Тобольской Духовной семинарии, в 1990-91 — ректором Ставропольской Духовной семинарии, затем переведен насельником в Свято-Троицкую Сергиеву лавру, членом Духовного Собора которой он стал. В течение нескольких лет занимал должность казначея лавры, вернулся к преподавательской и активной научной деятельности: в 1994 г. был назначен на должность первого проректора МДА, 14 марта 1996 года ему была присвоена степень магистра богословия за работу над темой, посвящённой жизни и трудам свт. Макария, митрополита Московского, «Жизнь и труды свт. Макария, митрополита Московского и всея Руси». В июне 2001 года назначен заведующим Регентской школой при МДА, в 2004 году утверждён в звании профессора. За время руководства Регентской школой отец Макарий сумел собрать сильный преподавательский коллектив, привить учащимся любовь к церковно-певческому труду. Его усердию принадлежит издание «Молебного пения с акафистом преподобному Сергию Радонежскому» - диск, записанный хором Регентской школы при непосредственном участии архимандрита Макария.

В этот период архимандрит Макарий сотрудничает с рядом церковных издательств. Участвовал в переиздании многотомной «Истории Русской Церкви» митрополита Макария (Булгакова), дополняя издание комментариями по наиболее интересному его исследованиям периоду – XV – XVI вв. Кроме того, отец Макарий является членом редсовета и постоянным автором журналов «Альфа и Омега», «Вышенский паломник» и «Вестник церковной истории», ЦНЦ «Православная энциклопедия». Круг научных тем, отраженных в работах отца Макария, весьма широк. Кроме вопросов церковной истории, архимандрит Макарий успешно занимается проблемами литургики, церковного права, богословия, церковного искусства – пения и иконографии и многими другими.

Постоянные публикации отца Макария, посвященные церковно-богослужебному уставу, церковной истории и певческому искусству можно встретить в известном духовно – музыкальном журнале «Регентское дело», издаваемом на Украине. На сегодняшний день «Регентское дело» - это одно из немногих изданий, посвященных труду церковного певчего, регента.

2013-й год для архимандрита Макария вдвойне юбилейный - тридцатипятилетие со дня окончания Московской духовной академии и тридцатипятилетие с момента опубликования первой научной работы. Сегодня количество его научных публикаций превышает 700 наименований.

Являясь насельником Свято-Троицкой Сергиевой лавры, отец Макарий снискал большое уважение и любовь братии обители, множество из которых в годы обучения в Московских Духовных школах совершили свои первые шаги в церковно-исторической науке под его руководством. Ученый, преподаватель, замечательный проповедник и духовник, в настоящее время архимандрит Макарий продолжает свои труды на благо Церкви.

Иеромонах Гурий (Гусев),
насельник Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.