Для чего новобрачным в церкви кладут под ноги полотенце (рушник)?

Боюсь показаться наивным, но всегда считал, что для красоты. А еще чтобы показать, что их двое, а рушник один, т.е. они стали одной семьей.

Кстати, в старину этот рушник становился семейной святыней. Например, его можно было класть в красном углу под иконы или же обрамлять им иконы.

Это традиционный элемент чина, большинство комментариев к Таинству Брака даже не обращают на него внимание. В книге П.Ю. Малкова "Введение в литургическое предание" полотенце называет "подножкой" и говорится, что

...«подножка» – еще один символ единства в совместной брачной жизни.

Если вы хотите побольше узнать об истории и символике Таинства, рекомендую также книгу митрополита Илариона (Алфеева) и труд протоиерея Владимира Хулапа.