В каждой молитве достаточно одного крестного знамения. Например молитва: "Господи Иисусе Христе, сыне Божий, помилуй меня грешного". Можно совершать крестное знамение как в начале, так и в середине или в конце этой молитвы. Также и в утреннем и вечернем правиле и вообще во всех молитвах в принципе.
Строгой регламентации тут нет. По традиции, мы крестимся, прежде всего, при упоминании имени Святой Троицы. Например: Во имя Отца и Сына и Св. Духа. Аминь. Слава Отцу и Сыну и Св. Духу!
Когда или как? Если как, то ссылку Вам уже дали. Если когда - то точно в конце каждой очередной молитвы, а еще дома можно, когда хочется. Например, какое-то место коснулось сердца. Можно остановиться в чтении, еще раз помолиться, перекреститься. А потом продолжить.