Может ли Бог наказать человека, выступающего против строительства церкви?

Так уже наказал!

И может и накажет, если этот человек не откажется от своего храмоборчества и не покается. С Богом шутки плохи, и борьба с Ним заведомо обречена на поражение. Наказание богоборцам — крах всей земной жизни и вечные муки в загробном бытии.

Сам вопрос поставлен некорректно — может ли? Бог все может, для Него нет ничего невозможного. Поэтому ответ при такой постановке вопроса может быть лишь один — может.

Чтобы рассуждать на эту тему, нужна конкретика, обстоятельства. Почему человек против?

Может, но Бог всегда ищет спасения каждому человеку — в том числе, и ожесточенному богоборцу. «Разве Я хочу смерти беззаконника? говорит Господь Бог. Не того ли, чтобы он обратился от путей своих и был жив?» (Иез.18:23) Святой Апостол Павел до своего обращения был жестоким гонителем Христиан, но Бог дал ему покаяние. Церковное предание содержит множество примеров такого рода. Потому, зная, что наказание или помилование грешника во власти Бога, мы должны молиться о его покаянии и спасении. Как сказал спаситель, «А Я говорю вам: любите врагов ваших, благословляйте проклинающих вас, благотворите ненавидящим вас и молитесь за обижающих вас и гонящих вас, да будете сынами Отца вашего Небесного, ибо Он повелевает солнцу Своему восходить над злыми и добрыми и посылает дождь на праведных и неправедных» (Матф.5:44,45)

Теоретически все возможно, но многое зависит от внутренних мотивов самого человека.