Родился в селе Колударове Моршанского уезда Тамбовской губернии в семье священника.
В 1880 году окончил II Тамбовское духовное училище по II разряду, в 1886 году - Тамбовскую духовную семинарию по I разряду.
Служил псаломщиком в церкви Липецка, затем надзирателем в Тамбовском духовном училище.
С 1889 года - надзиратель 2-го Тамбовского духовного училища.
В 1891 году поступил в Казанскую духовную академию.
В 1895 году окончил духовную академию со степенью кандидата богословия и оставлен профессорским стипендиатом по кафедре истории Русской Церкви.
С 1896 года - исполняющий дела доцента этой кафедры. В 1898 году получил звание магистра за диссертацию "Русские епархии XVI-XIX в.в., Том I: XVI и XVII в.в" и утверждён в звании доцента.
С 1905 по 1907 год состоял редактором журнала "Известия по Казанской епархии". В 1906 году произведён в чин статского советника.
В 1907 году удостоен ученой степени доктора церковной истории. С 16 июня 1908 года - сверхштатный профессор, с 25 октября утверждён в звании экстраординарного профессора Академии.
С 19 августа 1909 года - ординарный профессор кафедры истории Русской Церкви. Составил обстоятельные исторические описания монастырей Казанской епархии по заказу настоятелей этих обителей: Седмиезерной пустыни, Свияжского Иоанно-Предтеченского.
Советом духовной академии направлялся её представителем на XI, XIV и XVI всероссийские археологические съезды в Киев, Чернигов и Псков.
За литературные труды был избран пожизненным действительным членом Владимирской губернской, Тамбовской, Нижегородской Ученых Архивной комиссий, Императорского Московского археологического института, Общества археологии, истории и этнографии при Императорском Казанском университете. Кроме того, он был одним из учредителей и членом церковного историко-археологического Общества Казанской епархии.
Принимал активное участие в подготовке и работе Поместного и священного Собора Российской Православной Церкви, являясь членом Предсоборного Совета и членом Поместного собора от Казанской епархии, выступал с докладом, принимал участие в разработке Устава православных академий и других документов.
После революции 1917 года ему было предложено занять должность профессора русской истории в Казанском Педагогическом институте или должность управляющего вновь учреждаемого Казанского Губархива.
В конце 1918 года с группой университетских и академических профессоров пытался сохранить от большевиков Раифский монастырь, ходатайствуя о передаче Раифских земель Казанскому университету.
С 1919 года был был членом и председателем комиссии по охране архивных фондов и музейных памятников Казани и Казанской губернии, а также заведующим историко-культурной и бытовой секцией Казанского губернского архива, заведующим объединенной библиотекой Татарского ЦИКа, Совнаркома и Госплана. И.М. Покровский, был по сути первым создателем и хранителем Национального архива Татарстана и других крупных архивов республики. Благодаря его неутомимой деятельности, республика Татарстан не потеряла ценные документы, являющиеся сегодня основой многих фундаментальных исследований по истории РТ.
В 1921 году вместе с ректором, епископом Анатолием (Грисюком) и другими профессорами был арестован и условно осуждён на год лишения свободы, за "нелегальное существование академии", которая в законном порядке тогда еще не была ликвидирована.
В послереволюционные годы продолжал принимать активное участие в работе Общества Археологии, Истории и Этнографии Казанского университета, являясь старейшим членом и деятельным работником этого общества (с 1898 по 1932 г.г.).
В 1930 году был арестован органами ГПУ ТАССР. Вместе с другими профессорами академии обвинялся "в организации филиала всесоюзного центра церковно-монархической организации "Истинно-Православная Церковь", якобы существовавшей на территории ТАССР.
В 1932 году постановлением особого совещания при коллегии ОГПУ был осуждён по ст. 58-10, 58-11 УК РСФСР и сослан в Казахстан сроком на 3 года. В то время он был уже больным человеком, страдал эмфиземой лёгких, астмой, сердечной недостаточностью.
Незадолго до смерти им были переданы в дар государственному музею ТАССР редкая коллекция шамаилов, собранная им в разные годы (в кол-ве 70 шт.), которая является в настоящее время основной частью коллекции фонда музея РТ, а также другие ценные книги.
Cкоропостижно cкончался 19 апреля 1941 года от сердечного приступа в кабинете директора музея РТ, во время передачи ценных документов по истории расстрела крестьян села Бездна Спасского уезда из его архива.
В 1964 году посмертно реабилитирован Постановлением Верховного суда ТАССР. Дом, который в 1902 году построил и в котором жил И. М. Покровский до самой смерти, постановлением кабинета министров республики Татарстан назван домом его имени, признан памятником истории республиканского значения и занесён в государственный охранный реестр, на доме установлена мемориальная доска.
