Учился в Нижегородской духовной семинарии, которую окончил в 1874 году по первому разряду, что давало право продолжать образование в духовной академии.
В 1878 году кандидатом богословия «с правом на получение степени магистра без нового устного испытания» закончил Казанскую духовную академию. Выпускную работу написал на тему «Книга святого пророка Ионы». Карьера
В 1878—1880 годы преподавал в Полтавской духовной семинарии.
В 1880—1882 годах занимал должность помощника инспектора Казанской духовной академии. В сфере профессиональных научных интересов И. С. Знаменского были изыскания по истории православного духовенства России XVIII века, исследования и систематизация текстов пророческих книг Священного Писания, обобщение христологических представлений раннехристианских философов-богословов.
И. С. Знаменский умер 23 августа 1882 года в Казани. Был похоронен на казанском православном Арском кладбище. Могила не сохранилась
