На мысли, не связанные с молитвой, лучше не обращать никакого внимания. Да и те, что о молитве воспринимать лишь до некоторой степени, т.е. и они могут увлечь в бесплодную мысленную деятельность... Как только подумалось вам что они не очень способствуют призыванию Духа Святого, так начинайте и их игнорировать.
Как говорил отец Серафим(Саровский):
-... ведь молитвою мы с Ним Самим Всеблагим и Животворящим Богом и Спасом нашим, беседовать удостоиваемся. Но и тут надобно молиться лишь до тех пор, пока Бог Дух Святый не сойдет на нас в известных Ему мерах небесной Своей благодати. И когда благоволит Он посетить нас, то надлежит уже перестать молиться. Чего же и молиться тогда Ему: Прииди и вселися в ны, и очисти ны от всякая скверны, и спаси, Блаже, души наша, - когда уже пришел Он к нам, во еже спасти нас, уповающих на Него и призывающих Имя Его святое во истине, т.е. с тем, чтобы смиренно и с любовью сретить Его, Утешители, внутрь храмин душ наших, алчущих и жаждущих Его пришествия. Я вашему Боголюбию поясню это примером: вот хоть бы вы меня в гости к себе позвали, и я бы по зову вашему пришел к вам и хотел бы побеседовать с вами. А вы бы все-таки стали меня приглашать: милости-де просим, пожалуйте, дескать, ко мне! То я поневоле должен был бы сказать: что это он? из ума, что ли выступил? Я пришел к нему, а он все-таки меня зовет! - Так-то и до Господа Бога Духа Святого относится. Потому-то и сказано: Упразднитеся и разумейте, яко Аз есмь Бог, вознесуся во языцех, вонесуся на земли, то есть явлюся и буду являться всякому верующему в Меня и призывающему Меня и буду беседовать с ним, как некогда беседовал с Адамом в раю, с Авраамом и Иаковом и с другими рабами Моими, с Моисеем, Иовом и им подобными. Многие толкуют, что это упразднение относится только до дел мирских, т.е. что при молитвенной беседе с Богом надобно упраздниться от мирских дел. Но я вам по Бозе скажу, что хотя и от них при молитве необходимо упраздниться, но когда, при всемогущей силе веры и молитвы, соизволит Господь Бог Дух Святый посетить нас и приидет к нам в полноте неизреченной Своей благости, то надобно и от молитвы упраздниться. Молвит душа и в молве находится, когда молитву творит; а при нашествии Духа Святого надлежит быть в полном безмолвии, слышать явственно и вразумительно все глаголы живота вечного, которые Он тогда возвестить соизволит. Надлежит притом быть в полном трезвении и души, и духа и в целомудренной чистоте плоти. Так было при горе Хориве, когда израильтянам было сказано, чтобы они до явления Божиего на Синае за три дня не прикасались бы и к женам, ибо Бог наш есть огнь поядаяй все нечистое, и в общение с Ним не может войти никтоже от скверны плоти и духа.