Семья
Родился 7 марта 1862 года в семье инспектора казенных училищ Московского учебного округа, впоследствии действительного тайного советника, масона Василия Сергеевича Арсеньева (1829–1915), который в 1852 году вступил в брак с княжной Натальей Юрьевной Долгоруковой (1830–1902). Наталья Юрьевна была человеком верующим; дружила с игуменией Страстного монастыря Евгенией (Озеровой); почитала митрополита Московского Филарета и посещала его на Троицком подворье.
Образование
В 1868 году семья поселилась в Замоскворечье, где прошло детство и отрочество Ивана; а в 1874 году переехали в Санкт-Петербург, где Иван поступил в 3-ю Санкт-Петербургскую гимназию. Весной 1878 года Иван Арсеньев тяжело заболел и уехал с матерью за границу. Из-за границы они вернулись в Москву, где в мае 1879 года Иван поступил во 2-й класс Московской духовной семинарии, которую с отличием окончил летом 1884 года. Затем до 1889 года учился в Московской духовной академии.
Преподавательская и общественная деятельность
Преподавал в Вифанской семинарии гомилетику, литургику, практическое руководство для пастырей. Читал лекции по нравственному богословию для старшего отделения Педагогических курсов Московского училища ордена святой Екатерины. Был законоучителем и настоятелем домовой церкви Московского учительского института. Принимал активное участие в миссионерских собеседованиях со старообрядцами и богословских чтениях для широкой аудитории в Москве. Был членом Общества любителей духовного просвещения.
Научная работа
В 1898 году был удостоен степени магистра богословия за работу «Ультрамонтанское движение в текущем столетии, до Ватиканского собора 1869–1870». В 1914 году стал доктором церковной истории за работу «От Карла Великого до реформации». Среди сочинений протоиерея Иоанна Арсеньева большое место занимают работы, посвященные полемике со старообрядцами, изучению современного состояния католицизма, критике католического учения; опубликовано значительное число его проповедей.
Аресты, ссылки
15 января 1918 года стал настоятелем Храма Христа Спасителя. В апреле 1922 вместе со священномучениками Александром Хотовицким, Илией Громогласовым и священником Илией Зотиковым был арестован по делу «Совета объединенных приходов» о сопротивлении изъятию церковных ценностей и обвинен, как и прочие арестованные, в распространении послания Патриарха Московского Тихона о помощи голодающим от 28 февраля 1922 года, а также в призыве к массовому противодействию декрету ВЦИК об изъятии церковных ценностей. На Московском процессе по делу «церковников» в ноябре-декабре 1922 года отец Иоанн был осужден на 5 лет, по амнистии срок был сокращен до 2 лет. В мае 1923 года обратился в Политический Красный Крест (ПКК, Помполит) с письмом на имя Е. В. Пешковой, жены Максима Горького, руководившей ПКК, в котором писал о своей невиновности. Благодаря ходатайству ПКК вскоре был освобожден из Таганской тюрьмы под подписку о невыезде.
В ночь с 12 на 13 ноября 1923 года снова арестован после обыска на квартире, во время которого были отобраны 2 экземпляра послания Патриарха Тихона и воззвание протопресвитера Александра Хотовицкого по поводу изъятия церковных ценностей. Заключен в Бутырскую тюрьму — «за распространение воззвания патриарха Тихона и призывы к массовому и открытому противодействию постановлению ВЦИКа», приговорен к заключению в лагерь на 5 лет. В январе 1924 года — очевидно, благодаря ходатайству ПКК — заключение было заменено на высылку в Тверь. В 1925 году, судя по его письмам в ПКК, еще находился в ссылке.
Весной 1930 года арестован, приговорен к ссылке на 3 года в Северный край с конфискацией имущества. Благодаря вмешательству Е. П. Пешковой от высылки был освобожден и продолжил свою научную деятельность.
Кончина
Последние годы провел, вероятно, в Москве. Умер 8 сентября 1930 года. Похоронен на Даниловском кладбище напротив северного входа в храм Святого Духа.
