По окончании курса в Московской духовной семинарии, он в 1859 году рукоположен был в сан диакона к церкви святых Бориса и Глеба у Арбатских ворот и служил там 24 года. В это время он положил начало своей законоучительской и публицистической деятельности, впоследствие доставивших ему почетное имя.

Педагогическая деятельность

Многие учебные заведения, школы, приюты и частные лица приглашали его к себе законоучителем, и неутомимый отец Иоанн, Господу поспешствующу, успевал везде...

Когда в 1883 году освободилось место законоучителя в Мещанском училище и настоятеля церкви при нем, выборные из купеческого сословия обратились к митрополиту, высокопреосвященному Иоанникию, прося назначить на это место известного всей Москве отца диакона Бухарева. Владыка, несмотря на то, что на это место были претенденты и из лиц с академическим образованием, уважил просьбу московского купечества и рукоположил диакона Иоанна во пресвитера.

Став священником, отец Иоанн продолжил свое многополезное служение. Всей душой он любил вверенную ему Богом юную паству и своим кротким и любвеобильным отношением к детям привлек их к себе. Придавая большое значение силе слова, он неустанно наставлял своих духовных чад и в храме Божием, и на уроках, и в частных беседах. Прощаясь с учебным заведением, юноши и девушки уносили в своих сердцах запечатленными навсегда уроки правды и добра, веры и любви, — уроки, истекавшие из любящего сердца их пастыря и учителя — отца Иоанна.

Скончался протоиерей Иоанн Бухарев в 1912 году.

Литературные труды

Не довольствуясь кафедрой церковной и учительской, батюшка посвящал свой досуг литературному труду. И, в качестве духовного писателя, значительно расширил круг своего нравственного воздействия, изъясняя в простой, всем доступной, форме Евангельское учение и святоотеческие предания. Его книги и брошюры, посвященные моральным, религиозным и церковно-историческим темам, были рассчитаны на самую широкую аудиторию, в том числе и на детей.

Протоиерей Иоанн хорошо знал, как благоприятно воздействуют на душу ребенка рассказы из Священной истории. Поэтому среди его произведений есть и «Священная история Нового Завета».

Одни из главных трудов отца Иоанна Бухарева — «Жития всех святых, празднуемых православною Греко-Российскою Церковью»; «Объяснение ежедневных домашних молитв»; «Катехизическое учение православной христианской веры»; «Краткое толкование Евангелий, читаемых на литургии во все воскресные и праздничные дни года»; общедоступные комментарии к Евангелию от Матфея, Марка, Луки и Иоанна и другие