Переговоры об учреждении в России самостоятельной патриаршей кафедры начались летом 1588 г. Прибывший в Москву константинопольский патриарх Иеремия был торжественно принят в Кремле, но сам процесс учреждения патриархата занял около полугода. 29 января 1589 г. Освященный собор избрал первым патриархом Русской церкви Московского митрополита Иова, и константинопольский патриарх Иеремия лично возвел его в сан «патриарха Московского и вся Руси».
Решение об учреждении Московского патриархата подтвердили в мае 1590 г. на церковном соборе в Константинополе главы и других поместных церквей. Соборную грамоту весной следующего года доставил в Москву тырновский митрополит Дионисий.
В 1593 г. в Константинополе в присутствии московского посла Г. Афанасьева состоялся новый собор восточных иерархов, в котором участвовали патриархи Константинопольский, Александрийский (временно управлявший также Антиохийской кафедрой) и Иерусалимский. Собор, согласившись с возведением предстоятеля Русской церкви в патриарший сан, подтвердил пятое место Русской церкви в диптихе православных церквей.
1. Уложенная Грамота 1589 г.: Собрание государственных грамот и договоров, Часть вторая, 1819. С. 95–102.
2. Томос о Деянии Константинопольского Собора 1590 г. с подтверждением учреждения Московского Патриархата. Греческий текст: Regel W., Analecta Byzantino-Russica. Petropoli, 1891. P. 85–87; Ц.-С. перевод: Кормчая, 1653. С. 27–28.
3. Деяние Константинопольского Собора восточных патриархов 1593 г., подтверждающее учреждение Московского Патриархата с ясным определением его места в диптихе.
Греческий текст: Сафа К. (Σαθα Κ.Ν.), Βιογραφικόν σχεδίασμα περί του Πατριάρχου Ιερεμίου Β’ (1572–1594). 1870. C. 82–92; Русский перевод: Успенский П., Деяние Константинопольского Собора 1593 года, которым утверждено патриаршество в России // Труды Киевской духовной академии. 1865. Том третий. С. 237–248.