Родился в крестьянской семье. Окончил Псковское духовное училище, затем — Псковскую духовную семинарию. Поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, которую окончил в 1893 году со степенью кандидата богословия с правом получения степени магистра без нового устного испытания (курс XLI). В 1893 году за сочинение «Лукиановская рецензия LXX в славянском переводе» удостоен степени кандидата богословия.
Работал помощником библиотекаря в библиотеке Санкт-Петербургской духовной академии. В 1895 году совершил поездку на Восток для изучения рукописей библиотеки Александрийского патриархата в Каире. В 1897 году Евсеев за сочинение «Книга пророка Исайи в древнеславянском переводе» был удостоен степени магистра богословия. В 1898 году Евсеев назначен смотрителем Московского Заиконоспасского училища. Преподавал в Александровском коммерческом училище и Московском учительском институте.
С 1902 года Евсеев — инспектор Подольской духовной семинарии. С 1904 года Евсеев — инспектор Орловской духовной семинарии.
В 1906 году Иван Евсеевич защитил докторскую диссертацию «Книга пророка Даниила в древнеславянском переводе» и занял место доцентакафедры гомилетики, а затем сверхштатного профессора Санкт-Петербургской духовной академии. С 1907 года Евсеев — ординарный профессор. С 11 сентября 1909 года он возглавлял в Санкт-Петербургской духовной академии кафедру русского и церковнославянскогоязыков и истории русской литературы.
С 1909 года Евсеев — редактор журнала «Церковный Вестник». Наряду с преподаванием он много времени уделял научным трудам, поставив перед собой цель подготовить авторитетное научное издание церковнославянской Библии и способствовать тем самым изданию нового русского её перевода. В 1910 году Евсеев принял участие в работе Международной комиссии по критическому изданию Септуагинты, возглавляемой А. Ральфсом, он подготовил описание 4 тысяч славянских манускриптов Священного Писания. В 1911 году Евсеев представил в Синод одобренный Советом Санкт-Петербургской духовной академии проект научного издания славянской Библии. С 1914 года Евсеев — член-корреспондент АН по отделению литературы и языка.
Ещё в 1903 году совместно с А. В. Михайловым он начал работу над проектом по подготовке критического издания славянской Библии. Более 12 лет он пытался найти финансирование, необходимое для реализации этого проекта. Он считал, что эту работу должна была возглавить Санкт-Петербургская духовная академия. В течение ряда лет Синод колебался и не принимал решения, и только в 1915 году при Петроградской духовной академии была создана Библейская комиссия по подготовке этого издания; Евсеев был назначен председателем Комитета по научному изданию Библии. В 1916 году Духовная академия приняла решение о выпуске переиздания Синодального перевода с существенными исправлениями, предложенными Евсеевым, и по его инициативе в рамках Поместного Собора с марта 1918 года стал действовать особый Библейский отдел, однако изданию помешала революция.
В 1918 году Евсеев переехал на жительство с семьей из Петрограда в село Каменка, Порховского уезда, Псковской губернии, одной из причин переезда было приглашение участвовать в организации Народного университета в городе Порхове. Этот проект не был осуществлён. После завершения сезона полевых работ Евсеев неоднократно приезжал на короткое время в Петроград для научных занятий и постоянно выражал готовность принимать участие в работе Библейской комиссии, если ему обеспечат минимальные средства к существованию.
Евсеев имел большую семью — 12 человек и находился с 1918 года до своей смерти в бедственном положении. Скоропостижно скончался от воспаления уха в 1921 году.
