С 1893 года преподавал философию в Подольской духовной семинарии, а также словесность, историю русской литературы и педагогику в Подольском женском училище. С 1897 года — исполняющий должность доцента по кафедре истории философии Киевской духовной академии, затем — доцент (1908), экстраординарный (1909) и ординарный (1918) профессор. П. И. Кудрявцев — один из организаторов Киевского религиозно-философского общества (основано 23 января 1908 года) и его председатель с февраля 1910 по май 1912 года. В 1914 года стал членом, а впоследствии товарищем (заместителем) главы Научно-философского общества, основанного при Киевском университете.

На Поместном Соборе в 1917 г. был избран членом Соборного Совета, заместителем члена Высшего церковного совета, членом Предсоборного Совета; участвовал в работе подотдела о богослужебном языке. В 1918 году он — председатель учёного комитета при министре исповеданий украинского гетманского правительства В. В. Зеньковского. В 1919—1921 гг. — сверхштатный профессор историко-филологического факультета Таврического университета по кафедре истории и древней философии. С 1919 года был сотрудником историко-филологического отдела ВУАН.

В начале 1930-х годов осуждён на лагерные работы, актирован через 3 года по болезни сердца. В августе 1938 года вновь арестован, освобождён в апреле 1939 года. Умер летом 1940 года; похоронен в Киеве.