Родился в городе Вязьма Смоленской губернии. Окончил 4-ю московскую гимназию, математическое отделение физико-математического факультета Московского университета (1886), механический факультет Петербургского технологического института (1887), заочно Санкт-Петербургскую духовную академию со званием действительного студента (1891), Демидовский юридический лицей со степенью кандидата права (1896).

Помощник присяжного поверенного (1896), затем присяжный поверенный Московской судебной палаты (1901).

В 1901 г. в СПбДА получил степень кандидата богословия за работу «Христианство как идеал личной жизни человека на первых ступенях его развития».

С 1908 г. приват-доцент по кафедре Церковного права Ярославского Демидовского Юридического Лицея.

В 1911 г. защитил работу «К вопросу о свободе совести. Закон о старообрядческих общинах в связи с отношением церкви и государства» в Казанской Духовной Академии и стал магистром богословия; с того же года - доцент кафедры Церковного права МДА.

В 1913 г. уволился из Московской Духовной Академии ввиду сложности совмещения общественной и судебной деятельности с преподаванием.

Сотрудничал во многих духовных журналах.

В 1917-1918 член Священного Собора Российской Православной Церкви. Входил в состав отдела о Высшем церковном управлении, был противником восстановления Патриаршества.

Преподавал апологетику в 1921-1924 на Богословских академических курсах в Москве.

Несмотря на прежнее увлечение либеральными идеями не поддержал обновленчества и решительно встал на сторону патриарха Тихона.

Летом 1919 участвовал в проведении в Политехническом музее диспутов на религиозно-философские темы, что вызвало резкое неприятие со стороны власти; во все последующее время, до самой кончины, неоднократно подвергался аресту за защиту Церкви.

Был сторонником церковно-политических взглядов митрополита Сергия (Страгородского). В 1928 выступил на диспуте о Декларации митрополита Сергия с докладом на тему «Церковь и государство». Несмотря на лояльность автора в отношении советской власти, сам факт диспута вызвал негодование атеистов.

В феврале 1931 был арестован и выслан из Москвы в Кзыл-Орду. Скончался в Алма-Ате.

Вопрос о дате кончины Н. Д. Кузнецова неясен. По некоторым данным, он умер ещё в 1930, что расходится с информацией о последнем аресте и высылке. Есть точка зрения (высказанная протодиаконом Сергием Голубцовым), что он умер в 1936; она основана на предположении о том, что в дате 1930 последняя цифра была искажена.