Детство
В миру — Пётр Агеев, или по некоторым сведениям Андреев, родился в 1806 году в Молдавии в русской семье. Рано осиротел и воспитывался в семье богатого старообрядца. Позже писал, что в шесть лет сам «выучил азбуку» и стал читать, а затем отец купил ему «прописную азбуку», по которой он также занимался самостоятельно и выучился писать.
Путешествия по России
Странствовал по России — посетил Киев, Саровскую пустынь. Сподобился видеть и слышать великого старца Серафима Саровского, навсегда сохранив в душе его облик и красоту Саровской пустыни: «О святая обитель! Воистину, ты, яко град велик и прекрасен»
В Бело-Криницком старообрядческом монастыре был пострижен в монашество с именем Паисий. Он осознавал, что старообрядчество, разделившееся на многочисленные «толки» и «согласия», есть заблуждение. В 1838 году совершенно оглох, это продолжалось больше 10 лет. Беседы со старцем Тимоном в православной Надеевской пустыни открыли ему многое, особенно неправоту старообрядчества.
Присоединение к Церкви, прибытие на Афон, постриг
В Молдавии обошел все обители прп. Паисия Величковского. В 1839 году в монастыре Ворона (в Молдавии) перешел в Православие и уехал на Афон, где принял монашеский постриг с именем Памва, а на первой неделе Великого поста в 1841 году — схиму с именем Парфений.
Отправка в Россию со сбором
Сразу после принятия схимы был послан от Пантелеимонова монастыря в Россию для сбора пожертвований. Побывал в Оптиной пустыни, где беседовал со старцем Леонидом, в Троице-Сергиевой лавре. В 1842 году был по ошибке посажен в острог, где провел около года. После освобождения посетил своих приемных родителей и сумел, по молитвам пославших его афонских старцев, убедить их присоединиться к Церкви.
Отъезд в Тобольск, написание «Сказаний...»
Вернулся на Афон в 1843 году и прожил там до 1845 года, после чего по благословению русского подвижника иеросхимонаха Арсения был вновь послан в Россию — «в Сибирскую страну, в назначенное тебе место, в Томскую губернию <…> крест весьма тяжкий; ты же неси, не отягчайся; но паче радуйся и веселися, и благодари своего Создателя». Отбыв с Афона, совершил большое путешествие по Святой земле. В Томске, куда он прибыл 11 сентября 1847 года, стал сподвижником архиепископа Афанасия (Соколова), который побудил Парфения написать «Сказание…» о его странствованиях.
Поступление в Гефсиманский скит
Когда владыку Афанасия перевели в Иркутск, отец Парфений подал прошение митрополиту Филарету (Дроздову) о помещении в один из монастырей. В августе 1854 года переехал в Москву и по ходатайству митрополита Филарета поступил в число братства Гефсиманского скита при Троице-Сергиевой лавре.
Рукоположение, издание «Сказаний...»
В 1855 году, 18 января был рукоположен в иеродиакона, а 23 января — в иеромонаха. В этом же году издал «Сказание о странствии и путешествии по России, Молдавии, Турции и Святой Земле постриженника Святыя Горы Афонския инока Парфения», ставшее значительным событием в литературе того времени. М. П. Погодин объявил книгу «украшением русской словесности, не говоря о великой ее многогранной пользе». И. С. Тургенев замечал: «…это великая книга… Парфений — великий русский художник и русская душа»
Настоятельство в Николаевской Берлюковой пустыни
С 1856 по 1860 годы он был настоятелем Николаевской Берлюковой пустыни в Богородском уезде Московской губернии. Важным и главным делом отца Парфения становится увещевание отошедших от веры православной и впавших в разные расколоучения. На протяжении всего его настоятельства в монастырь присылались на увещевания многие заблудшие. С отеческой любовью и заботой старец Парфений их принимал и положил немало сил на их вразумление. В это время он написал значительный труд, обращенный к старообрядцам — «О Промысле Божием…».
Основание миссионерского Гуслицкого монастыря
В 1858 году неподалеку от пустыни Парфений основал Гуслицкий Спасо-Преображенский монастырь специально для обращения крестьян-старообрядцев, живших в этой местности. В 1860 году за миссионерскую деятельность среди старообрядцев был награжден золотым наперсным крестом, а в 1863 году возведен в сан игумена.
Последние годы жизни и кончина
В 1870–1871 годах вновь побывал на Афоне и в Иерусалиме. В августе 1872 года был подписан указ Святейшего Синода об увольнении настоятеля Спасо-Преображенского Гуслицкого монастыря на покой.
На покое жил в Гефсиманском скиту при Свято-Троицкой Сергиевой лавре, а затем и в самой лавре в келье при богадельне.
Скончался 17 мая 1878 года в Троице-Сергиевой лавре и на ее территории у Смоленской церкви был погребен.