Детские годы
Николай Никанорович Беляев родился 12 мая 1887 года в селе Раменском Московской губернии в семье слесаря ткацкой фабрики и дочери диакона. Религиозным воспитанием обязан матери. В детстве и отрочестве любил читать книги духовного содержания, особенно жития святых. Родители, с благоговением относясь к знаниям, сделали всё, чтобы сын мог получить образование. Николай Беляев, внук крепостного, поступил после Раменского сельского училища в 3-ю московскую гимназию и окончил ее в 1908 году с золотой медалью.
Академия. Монашество. Священство
В 1910 году Николай познакомился со старцами Смоленской Зосимовой пустыни игуменом Германом (Гомзиным) и иеромонахом Алексием (Соловьёвым) и стал духовным сыном отца Алексия. По благословению старца Оптиной пустыни преподобного Варсонофия (Плиханкова) в 1911 году поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1915 году.
В 1911 года принял монашество в Зосимовой пустыни с именем Варнава. Постриг совершил ректор Московской духовной академии епископ Феодор (Поздеевский). Почти сразу монах Варнава был рукоположен во иеродиакона, а в 1913 году — во иеромонаха.
Летом 1914 года совершил путешествие на Святую землю и Афон. В 1915 году получил степень кандидата богословия за работу: «Святой Варсонофий Великий. Его жизнь и учение» и назначен преподавателем гомилетики в Нижегородскую духовную семинарию, где прослужил до ее закрытия в 1918 году.
Возведен в сан архимандрита. Был настоятелем Старо-Голутвинского монастыря Московской епархии.
Епископская хиротония. Обновленчество
Указом Священного Синода архимандриту Варнаве было определено быть епископом Васильсурским, викарием Нижегородской епархии. В феврале 1920 года состоялась его епископская хиротония. Через полгода назначен старшим викарием епархии и переведен в Печерский Вознесенский монастырь.
Летом 1922 года духовенство Нижегородской епархии, в том числе и епископ Варнава, вместе с правящим архиереем архиепископом Евдокимом (Мещерским) подписало резолюцию о признании раскольнического обновленческого Высшего церковного управления. Однако владыка Варнава вскоре раскаялся, объясняя свой поступок малодушием и послушанием, и поехал принести покаяние к архиепископу Феодору (Поздеевскому), проживавшему в московском Даниловом монастыре, но не был им принят. В сентябре 1922 года посещает старцев Зосимовой пустыни. Иеросхимонах Алексий (Соловьёв) наложил на него епитимию за переход в обновленчество.
Начало юродства
Епископ Варнава решил принять на себя подвиг юродства, возможно, чтобы избежать дальнейших столкновений с обновленцами. Взяв в московской психиатрической клинике доктора Ганнушкина справку о том, что был на консультации по поводу «истероневрастении», владыка вернулся в конце октября 1922 года в Нижний Новгород и стал представляться умалишенным. 3 дня пробыл в психиатрической лечебнице, затем поселился в семье своего духовного сына. Живя почти затворнически, начал писать свой первый и главный труд — «Основы искусства святости (Опыт изложения православной аскетики)».
Кзыл-Орда. «Основы искусства святости»
В 1927 году заместитель патриаршего местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский) опубликовал декларацию о лояльности советской власти, в которой были недопустимые, по мнению многих православных, слова, например, выражалась «благодарность Советскому правительству за... внимание к духовным нуждам православного населения».
Сэтого времени епископ Варнава присоединился к непоминающим, то есть тем, кто не поминал за богослужением ставшего во главе Русской Православной Церкви митрополита Сергия.
В 1928 году переезжает в Кзыл-Орду в Казахстане, создает тайный монастырь, начинает писать аскетические сочинения. Там заканчивает «Основы искусства святости». В этом труде епископ Варнава попытался осмыслить знания, полученные в Духовной академии и в результате самостоятельного чтения аскетической литературы. В своей работе он цитирует святоотеческие сочинения, а его собственные рассуждения и комментарии касаются в основном явлений светской культуры. Не имея в то время еще достаточного духовного опыта, епископ Варнава плохо ориентировался в действительности, судил о ней во многом умозрительно, руководствуясь сиюминутным настроением, не выверенным житейским опытом. Эта духовная незрелость была, с одной стороны, причиной смятения его перед обновленцами, вызванного неумением отличить послушание от беспринципности, с другой стороны, наложила печать на сочинение епископа. Впоследствии владыка Варнава предполагал исправить текст книги, но этот замысел остался неисполненным.
Москва. Арест
Осенью 1931 года переезжает в Москву, живет в квартире брата своей келейницы.
В марте 19 года арестован ОГПУ за создание тайного монастыря,«куда вербовалась молодежь и обрабатывалась в контрреволюционном духе». Последнее обвинение он категорически отверг. Содержался в Бутырской тюрьме. В мае того же года осужден особым совещанием при Коллегии ОГПУ и заключен в исправительно-трудовой лагерь сроком на 3 года. Наказание отбывал в Ойротской автономной области (сейчас республика Алтай) в селе Топучая. В лагере отказался от работ, был переведен на штрафной паек. Его поселили в худшем бараке, среди отъявленной шпаны; чтобы не слышать сквернословия, епископ Варнава целый день ходил вдоль стены лагеря. Он ни с кем не разговаривал, а если что говорил, то непонятное. Врач лагерной больницы, сжалившись над архиереем, выписала ему направление в Томскую психиатрическую больницу с диагнозом «шизофрения». Через 2 месяца владыку вернули в лагерь, но вскоре снова отправили в психиатрическую больницу в Томск.
Освобождение. Жизнь в Киеве
После освобождения (1936 год) жил в Томске, а в 1948 году переехал в Киев, где за взятку получил прописку. В Киеве вел тихую, внешне ничем не примечательную жизнь. Для соседей епископ был просто «дядей Колей». Богослужений не совершал за исключением великого освящения воды на Богоявление. В Киеве ходил молиться у местных святынь, присутствовал на богослужениях, не открывая своего сана и не участвуя в таинствах. С 1950 года он начинает вести записные книжки, в которых крайне резко отзывается о Русской Православной Церкви. После смерти И. В. Сталина владыке стало казаться, что близки перемены в стране и он сможет уехать на Запад и там издать свои сочинения.
До последних лет жизни продолжал работать над новыми произведениями.
Скончался 6 мая 1963 года. Похоронен на Байковом кладбище Киева, отпевание совершил священник Алексей Глаголев.
