У Малахии не говорится, что придет в духе. Речь идет о самом Илие.
Мал.4:5-6. И се, аз послю вам Илию Фесвитянина
114, прежде пришествия дне Господня великаго и просвещеннаго, иже устроит сердце отца к сыну и сердце человека ко искреннему его, да не прииду и поражу
115 землю в конец.
Доказательство милосердия и долготерпения Божия служит то, что некогда предвоссияет нам Илия Фесвит, предвозвещая по всей вселенной, что явится наконец Судия. И Судия снидет во славе Бога и Отца, окруженный воинством ангельским, и «сядет на престол славы своея» (
Мф.25:31), судя вселенную в правде (
Пс.9:5), – и всенепременно «воздаст каждому по делу его» (
Мф.16:27;
Рим.2:6). Так как мы в многочисленнейших грехах, то предшествует благополезно божественный пророк, приводя обитателей земли к единодушию, дабы все, собравшись в единство чрез веру и прекратив рвение ко злу, решились совершать добро, и таким образом получили спасение при пришествии Судии.
Но прежде пришел блаженный Креститель Иоанн «в духе и силе Илии» (Лк.1:17). И как он проповедовал, говоря: «уготовайте путь Господень, правы творите стези Бога нашего» (
Ис.40:3;
Мф.3:3), – так и божественный Илия будет тогда проповедовать близ сущего и вскоре имеющего быть, да судит вселенную в правде (
Пс.9:5). И теперь, быть может, некоторые разномыслят между собой, и отец отделяется от сына и сын от отца (
Мф.10:35): один уверовал во Христа, другой сопричислен к апостолам, иные отделяются от любви к друг другу, разделяемые враждою, непрестанным гневом и соревнованием в каждом мирском деле. Но пророк возставит (устроит) и, приведя к единой вере некогда разделенных и восстановив «человека к ближнему его, дабы не приду, – говорит, – и поражу землю в конец», то есть всецело и совершенно. Видишь отсюда милосердие Владыки всех. Наперед убеждает обитателей земли и как бы свидетельствуется гласом Илии, что явится Судия, чтобы, обращением к лучшему исправив житие свое, тогдашние жители земли не предстали пред Строгим Судией, посылающим в пламень и «во тьму кромешную», – но напротив, услышали бы: «приидите, благословеннии Отца Моего, наследуйте уготованное вам царствие от сложения мира» (
Мф.25:30, 34).
(святитель Кирилл Александрийский. Толкование на пророка Малахию).
https://azbyka.ru/otechnik/Kirill_Aleksandrijskij/tolkovanie-na-proroka-malakhiju/4