В том же году продолжил учёбу на богословском факультете Университета Аристотеля в Салониках. Церковная жизнь Салоников приятно удивила юношу: «Помню, как в 1976 году я поехал учиться в Грецию, и я был необыкновенно поражен, когда, в первое же воскресенье придя в храм, я увидел там молодых людей. Впервые я видел молодых людей в церкви». Учёба в Салониках позволила ему регулярно посещать расположенную неподалёку Гору Афон.

В 1980 году окончил университет и прибыл на Афон, где вступил в число братии скита Неа-Скити (болг.)русск., духовником которого был известный старец Иосиф Ватопедский, ученик афонского старца Иосифа Исихаста.

В 1982 году принял великую схиму и в тот же год 29 мая был рукоположен в пресвитера митрополитом Иерисским Никодимом (Анагносту).

В 1983 году был митрополитом Верийским Павлом (Янникопулосом) возведён в достоинство духовника.

С 1987 года братство старца Иосифа приняло на себя труды по возобновлению монашеской жизни в монастыре Ватопед, в связи с чем иеромонах Афанасий был избран помощником настоятеля, а затем представителем обители в Священном Киноте Святой Горы Афон.

В 1991—1992 годах — протоэпистат (управляющий) Горы Афон. Эту должность на Афоне принято доверять пожилым монахам, которые обладают высоким авторитетом и большим опытом монашеской жизни. Отец Афанасий стал самым молодым Протоэпистатом за всю тысячелетнюю историю афонского монашества.

Посетивший в 1991 году Афон архиепископ Кипрский Хризостом I предложил иеромонаху Афанасию вернуться на Кипр. В 1992 году вместе с тремя другими ватопедскими иноками поступил в «Священнический» монастырь святителя Николая в Пафосе (также известный как «Агия-Мони»).

В ноябре 1993 года братия монастыря в полном составе перешла в монастырь Божией Матери Махера и 4 ноября того года отец Афанасий был избран игуменом этой обители.

С 1993 года четыре раза в месяц митрополит Афанасий выступает с открытыми беседами в храмах Лимасольской митрополии и Кипрском Университете.

11 февраля 1999 года решением Священного Синода был единогласно избран митрополитом Лимассольским. 14 февраля того же года состоялась его архиерейская хиротония с возведением в сан митрополита и интронизация.

На момент его поставления на Лимасольскую кафедру, епархия была обременена огромными долгами. Из-за череды финансовых скандалов и злоупотреблений большинство местных жителей было негативно настроено по отношению к Церкви. Для решения накопившихся проблем митрополит Афанасий назначил особую комиссию профессиональных экономистов, которая в короткие сроки помогла епархии избавиться от тяжёлого долгового гнёта. Исходя из представления, что каждый мирянин имеет право знать всё о том как управляется Церковь, митрополит Афанасий вводит традицию ежегодных отчётных пресс-конференций, на которых обнародуются доходы и расходы митрополии, рассказывается о её начинаниях и реализованных за год программах. Треть доходов Лимасольской митрополии неизменно выделяется на благотворительные нужды.

Стараниями Митрополита Афанасия духовно возрождаются действующие монастыри, кроме того возобновляется монашеская жизнь в трёх древних обителях.

22 ноября 2005 года вместе а архимандритом Исаией (Киккотисом) представлял Кипрскую православную церковь на интронизации Патриарха Иерусалимского Феофила III.

15-20 июля 2008 года сопровождал Архиепископа Хризостома II во время его визита в Москву.

Возражал против визита папы римского Бенедикта XVI на Кипр, состоявшегося в июне 2010 года, заявив, что католицизм является ересью, и Ватикан никогда не оказал положительного влияния на проблемы Кипра. С другой стороны, подчеркнул он, визит папы не должен стать предлогом для каких-либо непристойных выходок со стороны православных.

8-9 октября 2014 года принял участие в первом в новейшей истории собрании игуменов и игумений Русской Православной Церкви, состоявшемся в актовом зале Московской духовной академии.

В октябре 2020 года, вместе с митрополитом Киккским Никифором (Киккотисом), митрополитом Тамасским Исаией (Киккотисом) и хорепископом Амафунтским Николаем (Тимиадисом), был одним из четырёх иерархов Кипрской православной церкви, которые критиковали своего предстоятеля Хризостома II за признание автокефалии Православной церкви Украины, дарованной патриархом Константинопольским Варфоломеем.