Родился в семье священника Иоанна Александровича Александрова, являвшегося с мая 1860 по сентябрь 1862 года настоятелем Владимирской церкви села Байтеряково Лаишевского уезда Казанской губернии (родового имения потомственных дворян Казиных).

28 мая (9 июня) 1861 года (то есть менее чем через полтора месяца после рождения А. И. Александрова) в селе Байтеряково произошёл большой пожар, заставший священника И. А. Александрова во время совершения Божественной Литургии в сельском храме. В одной из клировых ведомостей сообщалось, в частности, что «во время бывшего в селе Байтерякове пожара, от которого в виду его сгорел собственный его дом и всё имущество, он, Александров, с примерным и редким самоотвержением продолжал совершать начатую им Литургию с одним причётником, которого убедил до окончания службы Божией остаться в Церкви, бывшей среди пламени». За это 30 ноября /12 декабря/ 1861 г. И. А. Александрову была объявлена «признательность Епархиального Начальства со внесением в послужный список».

В 1879 году окончил Первую казанскую гимназию.

В 1883 году окончил историко-филологический факультет Казанского университета со степенью кандидата историко-филологических наук за работу: «Детская речь». Ученик известных филологов И. А. Бодуэна де Куртенэ и Н. В. Крушевского.

Был оставлен при университете для подготовки к профессорскому званию по кафедре сравнительного языковедения и санскрита.

В 1884 года командирован в Дерптский университет на полтора года для научных занятий санскритом и немецким языком. В летнее время посещал прибалтийские губернии для изучения литовского языка.

В 1886 года защитил диссертацию «Sprachliches aus dem Nationaldichter Litauens Donalitius. Zur Semasiologie» («Язык национального поэта Литвы Донелайтиса. К семасиологии») на соискание учёной степени магистра сравнительного языковедения. В летнее время посещал прибалтийские губернии для изучения литовского языка[2].

Осенью 1886 года назначен приват-доцентом кафедры сравнительного языковедения Дерптского университета.

В 1886—1888 годы — приват-доцент кафедры сравнительного языковедения и санскрита Харьковского университета.

22 сентября 1888 года за диссертацию «Litauische Studien Nominalzusammungen» («Литовские этюды: Именные сложные слова»), представленную в Дерптский университет, удостоен степени доктора славянской филологии. Обе диссертации были написаны на немецком языке и защищены в Дерптском университете.

В 1888—1889 годы — экстраординарный профессор кафедры сравнительного языковедения и санскрита Казанского университета.

В 1889—1896 годы — экстраординарный профессор кафедры славянской филологии Казанского университета.

В 1896—1911 годы — ординарный профессор кафедры славянской филологии Казанского университета.

В 1890, 1891, 1893, 1895 годах выезжал в научные командировки за границу, главным образом в славянские страны.

В 1910 году удостоен honoris causa звания Доктора церковной истории. Почётный член Московской, Петроградской и Казанской духовных академий.

В 1896—1905 годы — заведующий и руководитель мужской воскресной школы в городе Казани. Организовал эту школу, в которой занимались рабочие, а занятия вели студенты Казанской духовной академии.

В 1897—1905 годы — секретарь историко-филологического факультета Казанского университета.

В 1903—1908 годы — редактор «Учёных записок Казанского университета».

В 1905—1911 годы — декан историко-филологического факультета Казанского университета. Будучи деканом, не раз исполнял обязанности ректора.

В 1910—1911 годы — ординарный профессор Казанской духовной академии по кафедре истории славянских и Румынской церквей.

В июле 1910 года был пострижен в монашество, возведён в сан иеродиакона и иеромонаха.

7 июля 1910 года в Раифском Богородицком монастыре архиепископом Казанским Иаковом (Пятницким) был пострижен в монашество, 8 июля рукоположён во иеродиакона, 10 июля — во иеромонаха.

В 1910—1912 годы — инспектор Казанской духовной академии.

С мая 1911 по февраль 1912 года — заслуженный ординарный профессор кафедры славянской филологии Казанского университета.

6 августа 1911 года в Казанском Преображенском монастыре возведён в сан архимандрита.

В 1911—1913 года — ординарный профессор Казанской духовной академии по кафедре церковнославянского и русского языков и палеографии.

15 февраля 1912 года назначен ректором Казанской духовной академии.

2 марта 1912 года в академическом храме Казани наречён и 4 марта в кафедральном Благовещенском соборе Казани хиротонисан во епископа Чистопольского, второго викария Казанской епархии.

С 30 мая 1913 года — епископ Ямбургский, викарий Санкт-Петербургской (с 1914 — Петроградской) епархии, последний ректор Санкт-Петербургской (с 1914 — Петроградской) духовной академии.

Автор научных трудов по славистике, сравнительному языкознанию, русской диалектологии, церковнославянскому и литовскому языкам, психологии и физиологии речи, истории Черногории. Знаток многих славянских языков и санскрита. Во время работы в университете находился в научных командировках в Австро-Венгрии, Черногории, Сербии, Болгарии, Константинополе и на Афоне. Почитатель святого Иоанна Кронштадтского, составил житие преподобного Иоанна Рыльского и акафист этому святому — небесному покровителю о. Иоанна.

Оказал большое влияние на своего воспитанника по Академии Бориса Ярушевича, впоследствии митрополита Николая, Крутицкого и Коломенского; над которым 23 октября 1914 года совершил монашеский постриг.

Скончался 23 июня 1918 года от воспаления лёгких. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры.