Родился в гор. Нёйи (Верхняя Сена, Франция) в семье русских эмигрантов. Он учился в Православном богословском институте Святого Сергия в Париже, в Школе практического богословия в Сорбонне, где в 1959 г. защитил докторскую диссертацию о богословских воззрениях святого Григория Паламы. В том же году, после рукоположения во иерея, он был приглашен в Свято-Владимирскую Духовную Академию в Нью-Йорке для преподавания истории Церкви и патрологии. Он преподавал также в Гарвардском, Колумбийском, Фордовском университетах США. В 1977 г. отец Иоанн был избран членом-корреспондентом Британской Академии. Он был почетным доктором Университета Нотр-Дам (Индиана, США), Богословского института Епископальной Церкви в Нью-Йорке и Православной Духовной Академии в Санкт-Петербурге.

Отец Иоанн Мейендорф долгое время возглавлял Отдел внешних сношений Православной Церкви в Америке. Он был одним из инициаторов создания канонической организации этой Поместной Церкви (начало которой восходит к утвержденной в 1794 г. Русской миссии на Аляске), получившей свою автокефалию от Московского Патриархата в 1971 г. С 1968 по 1976 гг. он возглавлял комиссию «Вера и Устройство» Всемирного Совета Церквей, членом Центрального Комитета которого являлся. Отец Иоанн был в числе инициаторов создания в 1953 году Синдесмоса v Всемирной федерации православной молодежи, ее первым секретарем, а затем председателем. С мая по июнь 1992 г. протопресвитер Иоанн Мейендорф был ректором Свято-Владимирской Духовной Академии. Последние три года жизни он много раз посещал Москву и Санкт-Петербург, читая лекции, проповедуя.

Протопресвитер Иоанн Мейендорф скончался в Монреале (Канада) в возрасте 66 лет от тяжелой болезни. Его последними словами были: «Икона Евхаристии (Eucharist’s icon)». Специалист с мировым именем в области патристики и византийской истории, один из самых замечательных православных богословов нашего времени, он проведен в последний путь главой Американской Православной Церкви митрополитом Вашингтонским Феодосием, который совершил чин погребения в часовне Свято-Владимирской Духовной Академии в Крествуде (Нью-Йорк, США).

Научные труды, публикации:

Труды отца Иоанна Мейендорфа переведены на 12 языков мира, его перу принадлежат такие исследования, как «Введение в учение Григория Паламы» (Сеиль, 1959), «Святой Григорий Палама и православная мистика» (Сеиль, 1959), перевод и критическое издание «Триад в защиту священнобезмолвствующих святого Григория Паламы» (в 2 тт., Лувэн, 1959), «Православная Церковь вчера и сегодня» (Сеиль, 1960, 2-е изд. 1969), «Православие и Католицизм» (Сеиль, 1965), «Христос в византийском богословии» (Сэрф, 1969), «Введение в византийское богословие» (Сэрф, 1975), «Брак: его перспектива в Православии» (YMCA-Press, 1986), множество статей. На английском языке вышли в свет книги «Византия и возвышение Руси: исследование византийско-русских отношений в XVI веке» (Garvard University Press, 1980), «Византийское наследие в Православной Церкви» (Изд-во Семинарии Святого Владимира, 1981), «Единство империи и христианское разделение. Церковь в 450-680 гг. н.э.» (Изд-во Семинарии Святого Владимира, 1981), а также сборники статей, изданные в Свято-Владимирской Духовной Академии: «Живое предание» (1978), «Соборность и Церковь» (1983), «Свидетельство миру» (1987), «Видение единства» (1987).