Отец с детства воспитывал сына в вере и любви, приучал к благочестию, чтению слова Божия, сердечной молитве. Когда мальчик достиг надлежащего возраста, его определили в Вологодское духовное училище. По выпуске, 1875 году, он продолжил образование в Вологодской семинарии.

Пройдя полный курс обучения, выдержал вступительный конкурс и был зачислен в состав учащихся Московской духовной академии. Шёл 1881 год. Окончив академию в 1885 году со степенью кандидата богословия, был направлен для дальнейшего служения, в должности преподавателя, в Харьковскую духовную семинарию.

Преподавательская деятельность

Здесь он проявил многогранность своих знаний: читал лекции по Догматическому, Сравнительному, Основному и Нравственному Богословию.

Начало преподавательской деятельности Н. Малиновского совпало с периодом реорганизации духовных семинарий. Изменения коснулись как административной составляющей, так и образовательных программ. Повышение качества обучения семинаристов требовало внедрения новых учебных пособий. Существует мнение, что именно тогда в сознании Николая Платоновича зародилась идея написать труд по Православной догматике.

В 1888 года он принял обязанности законоучителя старших классов реального училища в городе Харькове, и исполнял их до 1892 года. В то же время преподавал Закон Божий в местной женской гимназии.

В 1894 году, после успешной защиты диссертации, а это была работа по Догматическому Богословию, удостоился степени магистра.

В дальнейшем работа была продолжена и дополнена новыми разделами, результате чего приобрела форму завершенной догматической системы. На протяжении нескольких лет учебник отца Николая использовался в семинариях в качестве одного из основных учебных пособий. Правда, это не избавило его от обличительной критики. Так, архиепископ Иларион (Троицкий) обвинил автора в заимствовании ряда структурных элементов и заглавий у митрополита Макария (Булгакова) (чьё Православно-Догматическое Богословие тоже критиковалось), а также в наличии неточностей. Однако, не все обвинения носили объективный характер.

В том же 1894 году отец Николай вступил в должность инспектора Ставропольской семинарии и проработал на данном посту вплоть до 1901 года.

В 1902 году, согласно распоряжению начальства, возглавил Каменец-Подольскую семинарию и был возведен в достоинство ректора. Проработав на этом месте до 1906 года, встал во главе Вологодской семинарии.

В 1916 году, в связи с ослаблением телесного здоровья, подал прошение об отставке и получил удовлетворительный ответ.

За плодотворную деятельность был почтен от высшего руководства орденами святой Анны III-й и II-й степени. 28 января 1917 года тихо отошел ко Господу.