Однако, многие православные люди позитивно оценивают деятельность и труды отца Александра Меня. Так, по мнению Патриарха Алексия II: - "Отец Александр был талантливым проповедником слова Божия, добрым пастырем Церкви, он обладал щедрою душою и преданным Господу сердцем. Убийцы сотворили свое чёрное дело в момент, когда он мог бы ещё так много сделать для духовного просвещения и окормления чад Церкви. Не все его суждения полностью разделялись православными богословами, но ни одно из них не противоречило сути Священного Писания. Где как раз и подчёркивается, что надлежит быть разномыслиям между вами, дабы явились искуснейшие (1 Кор. 11, 19)."
Митрополит Антоний Сурожский, спустя много лет после смерти отца Александра говорил о нём очень эмоционально: - Мы не смеем говорить о своей оставленности, об одиночестве, о сиротстве! Отец Александр не умер, а приобщился к Жизни Божественной, остался для своих — знаемых и незнаемых, Пастырем добрым, молитвенником, ходатаем, заступником! И зовёт он каждого, кто его любил, кто в нём видел образ истинного христианина на Путь Крестный и к славе Воскресения! «Будьте мне последователями, как и я последователь Христов!»
Митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий в день 20-й годовщины трагической гибели отца Александра Меня, совершив заупокойную Литургию и литию по убиенному, высоко оценил его пастырскую и просветительскую деятельность: - О. Александр, можно сказать, советуясь только со своей совестью, в те годы весь пыл своей души посвящал служению Христу и Церкви. Мы знаем, что он порой выделялся из среды сопастырей своей ревностью в пастырской и просветительской деятельности.
Очень многое, что делал с точки зрения того времени необычного о. Александр, ибо не все было дозволено тогда, сейчас совершается на каждом приходе. И люди как-то забывают о ценности той свободы, которую имеет Церковь сейчас. Но тогда это было подвигом, мужеством – не только ревностное пастырское служение, но и жертвенное просветительское служение. Мы можем свидетельствовать, что семя, посеянное о. Александром, упало на добрую почву.