Семья, учеба
Родился в 1861 году в семье тамбовского кафедрального протоиерея. Окончил Тамбовскую духовную семинарию и Санкт-Петербургскую духовную академию, со званием магистра в 1886 году.
Преподавание и священнослужение
После окончания учебы остался преподавать в академии, читая лекции по православной апологетике, а с 1890 года стал преподавать на кафедре введения в круг богословских наук.
В 1896 году стал священником и был назначен на служение к Входоиерусалимской Знаменской церкви в Петербурге.
В 1899 году получил звание доцента, а в 1900 году стал профессором. С 1903 по 1910 год был профессором богословия в Санкт-Петербургском историко-филологическом институте.
Служба в военном ведомстве
В 1903 году был переведен в военное ведомство и стал настоятелем церкви Лейб-гвардии Кавалергардского Ее Величества Государыни императрицы Марии Феодоровны полка.
В 1908 году работал в комиссии по пересмотру положения о военном духовенстве.
В марте 1910 года был назначен помощником протопресвитера военного и морского духовенства Александра Желобовского. После его кончины в мае 1910 года Высочайше утвержден протопресвитером военного и морского духовенства русской армии, с увольнением от должности настоятеля церкви Кавалергардского полка и от духовно-учебной службы.
В 1910 году совершил поездки по городам Российской империи; посетил город Ригу на торжество освящения памятника императору Петру I, построенного в первую очередь на пожертвования населения города Риги, что было связано с широкомасштабным празднованием двухсотлетия вхождения в состав Российской империи.
Затем совершил поездку в Варшавскую губернию для обозрения подведомых ему церквей Варшавской и Привислинской епархии. В 1910-е годы в Варшаве насчитывалось приблизительно 49 православных церквей. А сразу же после революции были закрыты опустевшие военные церкви, которые польские власти не позволили обратить в приходы. В 1920-е годы в Варшаве были уничтожены или перестроены в костёлы 4 церкви при учебных заведениях и 6 при благотворительных и лечебных учреждениях, 2 тюремные церкви и более 20 военных церквей, , в том числе на военно-гарнизонном кладбище в Повонзках, уничтоженном впоследствии.
Богословские труды и общественная деятельность
Отец Евгений Аквилонов занимался разработкой трудных богословских тем — учением о Церкви, доказательствами бытия Божия, исследованием иудаизма. Уделял внимание полемике с видными писателями и философами того времени, обличал толстовские и социалистические идеи. Выступал против совершения православными священниками панихид по иноверцам.
Отец Евгений являлся искренним и убежденным патриотом, монархистом. Был близок к Русскому собранию (монархическая православно-консервативная партия, существовавшая с 1900 по 1917 год, объединявшая представителей русской интеллигенции, духовенства, чиновничества и дворянства) и Союзу русского народа (массовая монархическая организация с девизом «За Веру, Царя и Отечество», действовавшая с 1905 по 1917 год), возможно, даже являлся их членом. Выступал на монархических собраниях с докладами на темы государства и Церкви, написал ряд работ, посвященных обличению социал-демократов и других революционеров, боролся с социалистической и либеральной пропагандой в армии. Автор сочинения «Иудейский вопрос. О невозможности предоставления полноправия русским гражданам из иудейского народа» (СПб, 1907), в котором писал о несовместимости исповедания иудаизма в Российской империи с обладанием полными гражданскими правами.
Отъезд в Тамбовскую губернию, кончина
15 марта 1911 года отец Евгений просит об увольнении его в двухмесячный отпуск в город Козлов Тамбовской губернии.
30 марта сопровождающий его священник сообщил телеграммой из Козлова в Санкт-Петербург, что протопресвитер находится при смерти. Отец Евгений умирал от саркомы горла, ему было 49 лет. Почувствовав приближение смерти, он взял в руки зажженную свечу и начал сам себе читать «Последование на исход души от тела». Со словами: «Упокой, Господи, душу раба Твоего, протопресвитера Евгения» — он отошел в вечность.
Похороны
Отпевание отца Евгения состоялось 4 апреля 1911 года в С.-Петербурге, в церкви Кавалергардского Ее Величества императрицы Марии Феодоровны полка, настоятелем которой он был многие годы. Похоронен на Никольском кладбище Александро-Невской лавры, погребальную процессию возглавляли два епископа — Омский Владимир (Путята) и Нарвский Никандр (Феноменов).
Награды
Отец Евгений Аквилонов при жизни пользовался уважением: он являлся ординарным профессором и доктором богословия Санкт-Петербургской духовной академии, был награжден палицей и митрой, а также наперсным золотым крестом из кабинета Его Величества.
Был кавалером орденов Святой Анны II степени и Святого Владимира III степени.
