Образование
Родился 12 июля 1839 года в селе Коса близ города Слободского Вятской губернии, в семье сельского причетника. Учился в Глазовском духовном училище, потом поступил в Вятскую духовную семинарию, которую окончил в 1860 году. После семинарии (Бердников был самым успешным учеником) был зачислен в Казанскую духовную академию (КазДА). Обнаружил выдающиеся способности и во время обучения в академии. Одаренный во многих областях, он знал греческий, французский, арабский, татарский, монгольский и калмыцкий языки. В 1864 году окончил академию первым магисторм и был оставлен бакалавром на кафедре литургики и каноники для подготовки к профессорскому званию. В 1869 году кафедра была разделена, и Бердников остался в академии профессором на кафедре каноники.
Общественная деятельность
И. С. Бердников активно сотрудничал с различными общественными организациями, состоял членом совета и казначеем «Общества вспомоществования недостаточным студентам КазДА», почетным членом «Московского общества любителей духовного просвещения», работал в редакционной комиссии по изданию «Православного Собеседника» и «Известий по Казанской епархии».
В 1905 году являлся участником специального совещания, направленного на выработку мер по восстановлению порядка в духовных учебных заведениях, поскольку в то время воспитанники этих учебных заведений увлеклись революционными и даже террористическими идеями. Имели место случаи покушения на жизнь ректоров и преподавателей.
В 1910–1911 годах сотрудничал с А. П. Лопухиным и Н. Н. Глубоковским, издававшими Православную богословскую энциклопедию.
Работа в Предсоборном пристутствии
В 1906 году И. С. Бердников участвовал в работе Предсоборного присутствия.
Он предлагал изменитьсинодальное управление Церковью в соответствии с древней традицией. Высшим органом церковной власти должны быть Поместные Соборы (созываемые не реже 1 раза в 10 лет), которым должна принадлежать законодательная, контролирующая и ревизионная власть. Между Соборами высшая церковная власть принадлежит Синоду, который состоит из постоянных и временных членов в епископском сане и решает текущие церковные дела.
Председательствует на Соборе и в Синоде первоиерарх Поместной Русской Церкви в сане патриарха, которому (а не обер-прокурору) принадлежит право непосредственного общения с императором. Обер-прокурор как представитель императора является защитником церковных интересов в государственных учреждениях. В делах внутрицерковных, где высшая церковная власть пользуется полной свободой, полномочия обер-прокурора должны сводиться к роли наблюдателя.
Признавая в качестве недостатков епархиального управления слабое знание епископатом проблем подведомственного духовенства и своей паствы, малое внимание к религиозному просвещению и формально-бумажное ведение епархиальных дел, Бердников называет в качестве причин этих недостатков, например, обширность епархий, частое перемещение епископов с одной кафедры на другую, назначение (даже с вмешательством светской власти), а не выборность епископов. Он предлагал, в частности, устроить митрополичьи округа, разделить огромные епархии, перемещать епископов не более 1 раза.
Преподавание и научные труды
В мае 1869 года Бердников был назначен экстраординарным профессором Казанской духовной академии, исполнял должность инспектора академии. В течение 1872–1876 годов преподавал церковное право в качестве внештатного лектора на юридическом факультете Императорского Казанского университета.
В 1881 году вышла докторская диссертация «Государственное положение религии в римско-византийской империи. Т.I. До Константина Великого», над которой Бердников трудился 10 лет. В 1888 году был издан «Краткий курс церковного права Православной Греко-Российской Церкви с указанием главнейших особенностей католического и протестантского церковного права», принесший ему международную известность.
Бердников опубликовал около 70 работ в научных журналах и отдельными изданиями, составил более 110 рецензий и отзывов на научные монографии, курсовые работы, магистерскую и докторскую диссертации.
Под его руководством выросли многие талантливые и профессиональные канонисты, защитившие более тринадцати магистерских и несколько докторских диссертаций. Во многих высших учебных заведениях страны преподавали его ученики.
После своего ухода на пенсию в 1911 году Бердников передал значительную часть своей библиотеки в дар Казанской духовной академии. В 1914 году он содействовал Казанскому отделу «Комитета по оказанию помощи раненым воинам русским, черногорским и сербским и их семействам и семействам убитых воинов» под покровительством великой княгини Милицы Николаевны.
И. С. Бердников являлся заслуженным ординарным профессором Казанской академии, почетным членом Казанской, Петроградской, Московской и Киевской духовных академий.
Умер 10 сентября 1915 года, был захоронен на Куртином кладбище недалеко от академии.
