В миру Богоявленский Иван Яковлевич, родился 30 октября 1879 года в семье псаломщика в городе Новый Оскол Курской епархии. Его старший брат Димитрий, в монашестве Елевферий, впоследствии стал митрополитом Виленским.
Образование
Учился в Новооскольском уездном училище, потом в Старооскольском духовном училище и Курской духовной семинарии. Поступил в Санкт-Петербургскую духовную академию, которую окончил в 1904 году со степенью кандидата богословия. В академии учился одновременно со своим старшим братом Димитрием.
Священническое служение. Научные труды
В 1904 году назначен воспитателем Санкт-Петербургского Александро-Невского духовного училища.
В 1905 году рукоположен во священника епископом Гдовским Кириллом (Смирновым), будущим священномучеником, был настоятелем Екатерининского собора в Ямбурге Санкт-Петербургской губернии (ныне Кингисепп). В последующие годы служил в Гдове, Гатчине, Кронштадте.
С 1912 года настоятель Павловского собора Гатчины. Возведен в сан протоиерея.
В 1915 году за свой труд «Значение Иерусалимского храма в Ветхозаветной истории еврейского народа» получил степень магистра богословия.
Автор ряда статей и книг, участвовал в создании «Православной богословской энциклопедии», выходившей в предреволюционные годы в Петербурге.
Отъезд в Эстонию
Во время гражданской войны, в октябре 1919 года, вместе с отступавшими войсками генерала Н. Н. Юденича выехал из Гатчины в Эстонию. С собой вывез, спасая от осквернения, святыни Гатчинского собора: Филермскую икону Божией Матери, десницу Иоанна Предтечи и часть Животворящего Креста Господня, которые Мальтийский орден привез в Россию при императоре Павле I. Впоследствии эти святыни были отправлены из Эстонии в Копенгаген к вдовствующей императрице Марии Федоровне.
В Таллине служил сначала в Александро-Невском соборе (по другим данным, был настоятелем собора), а в1936 году, после передачи Александро-Невского собора эстонскому православному приходу, стал настоятелем таллинского храма во имя святых Симеона и Анны, куда был перемещен руссский приход Нарвской епархии. Преподавал Закон Божий в русских учебных заведениях Таллинна.
В 1920-х годах разработал учебное пособие по преподаванию Закона Божия для русских детей в эмиграции. Активно участвовал в работе Русского студенческого христианского движения (РСХД), возглавлял делегации на ряде съездов движения, руководил работой семинаров. В течение многих лет был благочинным, членом Нарвского епархиального совета и членом Синода Эстонской Православной Церкви.
В 1930–1940 годах редактировал выходивший в Эстонии духовный журнал «Православный собеседник».
В 1938 году основал в Таллине трехгодичные богословско-пастырские курсы на русском языке. В первый же год слушателем курсов стал Михаил Александрович Ридигер, отец будущего патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Отец Иоанн был законоучителем в школе и духовником юного Алексея. Алеша с 6 лет прислуживал в храме, где настоятельствовал его духовник. Впоследствии патриарх говорил о своем наставнике как о «достойнейшем труженике на ниве Божией, продолжателе пастырских и духовно-просветительских традиций», «человеке глубокой веры и очень большого духовного и жизненного опыта». «Любовь и внимание к людям были теми критериями, которыми руководствовались и о. Иоанн, и мой отец». По воспоминаниям современников, батюшка был настоящим молитвенником, для молитвы часто оставался в храме после службы. Во время Великого поста прихожане часто исповедовались у него дома, обсуждали с ним свои жизненные проблемы.
Во время немецкой оккупации Эстонии протоиерей Иоанн оказывал помощь советским военнопленным, за что был арестован и находился месяц в тюрьме в Таллине. Помогал беженцам в лагерях для перемещенных лиц в Клооге, Пыллкюле, Палдиски и Вильянди (Эстония). Не поддержал Таллинского митрополита Александра (Паулуса), заявившего о переходе в юрисдикцию Константинопольского Патриархата.
Воссоединение с Московским Патриархатом
После освобождения Эстонии советскими войсками протоиерей Иоанн Богоявленский вел патриотическую работу среди населения, участвовал в организации сбора средств в фонд помощи семьям фронтовиков. 6 марта 1945 года подписал как председатель Нарвского епархиального совета Акт о воссоединении с Московским Патриархатом русско-эстонского духовенства и мирян Эстонской епархии.
Участвовал в Поместном Соборе Русской Православной Церкви в 1945 году.
В январе 1946 года митрополит Ленинградский и Новгородский Григорий (Чуков) предложил магистру богословия Богоявленскому занять место ректора Богословско-пастырских курсов в Ленинграде, открывшихся в ноябре 1945 года. В 1946 году — ректор вновь открытых Ленинградской духовной академии и семинарии. Принимал активное участие в разработке учебной программы, в основу которой была положена система образования дореволюционных Петербургской академии и семинарии.
Монашество. Епископская хиротония
В 1946 году отец Иоанн овдовел и в июне 1947 года был пострижен в монашество с возведением в сан архимандрита. Имя Иси́дор ему было дано в честь священномученика Исидора, пострадавшего в Юрьеве (ныне Тарту) от католиков в XV веке.
Через 10 дней после пострига был хиротонисан во епископа Таллинского и Эстонского. Хиротонию возглавил патриарх Московский и всея Руси Алексий I (Симанский).
Владыка Исидор начал восстанавливать разрушенные во время войны храмы, особое внимание уделял помощи Пюхтицкому женскому монастырю. В связи с тяжелым положением епархии добился ее освобождения от обязательных денежных сборов на общецерковные нужды.
Владыка подготовил несколько богословских работ, в том числе цикл статей, посвященных происхождению, цели существования и свойствам христианской Церкви. Они были опубликованы в «Журнале Московской Патриархии» в 1955 году, уже после его кончины.
Скончался 18 декабря 1949 года. Похоронен на Александро-Невском кладбище в Таллине.
