Родился в селе Новая Алексеевка Саратовской губернии 11 декабря 1865 года, в семье священника. Первое образование он получил ещё в детстве. Как сын верующих родителей, он воспитывался в вере и благочестии.

В 1880 году Иван окончил духовное училище в Саратове, после чего продолжил обучение в Саратовской духовной семинарии, а по её окончании, в 1886 году, поступил в Казанскую духовную академию на казённый счёт. Учился он хорошо.

В 1890 году, по завершении обучения, удостоился степени кандидата богословия, и как один из лучших выпускников академии был оставлен при ней (при кафедре общей церковной истории) на один год, профессорским стипендиатом.

В сентября 1891 года И. Соколов был определен на работу в Саратовскую духовную семинарию, на должность преподавателя философии.

В июле 1894 года Иван Иванович удостоился степени магистра богословия (в 1896 году его магистерская работа была отмечена премией митрополита Макария).

Преподавательская деятельность

В период с 1894 по 1903 год И. Соколов трудился в Санкт-Петербургской духовной семинарии преподавателем греческого языка.

При этом с 1895 года он возглавлял отдел в издании «Византийский современник», где опубликовал около семисот работ, и тогда же начал сотрудничать с журналом «Странник». В период с 1897 по 1904 год Иван Иванович руководил отделом в «Церковных ведомостях», а с 1904 возглавлял один из отделов журнала «Церковный вестник». Кроме того он создал несколько десятков статей для Православной Богословской энциклопедии по истории Византии.

В октябре 1903 года Иван Иванович удостоился звания доцента Санкт-петербургской духовной академии, по кафедре Греко-Восточной Церкви.

В начале двадцатого века И. Соколов проходил стажировку в Константинополе, работая под покровительством Патриарха Иоакима III. Плодом его научной деятельности стала докторская диссертация, которую он защитил в 1904 году.

В том же году, в октябре, И. Соколова избрали ординарным профессором Санкт-Петербургской духовной академии.

В 1906 году он был членом Предсоборного Присутствия, а в 1912 году — Предсоборного Совещания.

В 1911 году получил должность редактора «Церковного Вестника».

К этому времени Иван Иванович снискал себе известность не только на Родине, но и за рубежом. Когда в 1913 году, в связи с празднованием трехсотлетия дома Романовых, в Россию прибыл Патриарх Александрийский Григорий IV, одним из его визитов стало посещение квартиры И. И. Соколова. В состоявшейся беседе было затронуто множество интересных вопросов, сама же беседа продлилась несколько часов.

В 1915 году И. Соколов был откомандирован на Восток. Шла Первая мировая война. Турция выступала на стороне Германии. В этот период в кругах высшего политического руководства страны рассматривался план по присоединению Константинополя к России. В этой связи на Ивана Ивановича была возложена особая задача: составить доклад о предстоящем переустройстве Константинополя, о роли и месте Константинопольского Патриарха и местной церковной иерархии. Соколов изложил свои соображения в специальной записке, и надо сказать, что они были признаны трезвыми, взвешенными и продуманными. Между тем, как известно, исторически эти планы так и не были реализованы.

Деятельность в послереволюционные годы и советский период

1917 год ознаменовался для России не только двумя революциями, Февральской и Октябрьской, перевернувшими многовековые традиции и устои, но и созывом Всероссийского Поместного Собора, в результате деятельности которого было, наконец, восстановлено патриаршество на Руси.

И. Соколов принял в деятельности Собора активное участие. В дальнейшем его избрали членом Высшего Церковного Совета.

С 1919 года И. И. Соколов трудился в Киевском университете, занимая кафедру византологии, преподавал византийскую историографию, историю Византии.

Какое-то время он занимал место профессора в Петроградском Богословском институте, входил в членство совета Палестинского общества, функционировавшего при Академии наук.

В районе 1927 года Иван Иванович состоял профессором в Ленинградском институте востоковедения, на кафедре новогреческого языка.

В декабре 1933 года компетентные органы арестовали его в связи с делом «евлогиевцев», а в феврале 1934 года суд приговорил его к ссылке в Башкирию. Рассказывают, что в 1938 году за него вступилась известная правозащитница, первая супруга выдающегося русского писателя Максима Горького, Екатерина Пешкова. Однако своего освобождения Соколов так и не дождался.

3 мая 1939 года сердце ученого остановилось. Умер он в городе Уфе. Долгое время после смерти имя И. И. Соколова незаслуженно оставалось забытым.

Творческие труды И. И. Соколова

Из научного наследия И. И. Соколова любознательному читателю известны такие работы как Житие иже во святых отца нашего Григория Синаита, Лекции по истории Греко-Восточной Церкви, О Византинизме, Состояние монашества в Византийской Церкви с середины IX до начала XIII века (842-1204).