В миру князь Александр Алексеевич Ухтомский, родился в деревне Вослома Рыбинского уезда Ярославской губернии. Брат академика АН СССР Алексея Алексеевича Ухтомского.
Происходил из древнего княжеского рода Рюриковичей. Потомок Рюрика в двенадцатом колене князь Глеб Васильевич владел уделом на Бело-Озере, а в шестом его поколении князь Иван Иванович Каргопольский получил удел на реке Ухтоме, название которой и дало имя княжескому роду.
Отец будущего епископа Алексей Николаевич Ухтомский десять лет служил на флоте. По его желанию оба его сына — Александр и Алексей — учились в кадетском корпусе, который закончил он сам и его братья. После службы на флоте Алексей Николаевич служил в канцелярии Ярославского губернатора, но вскоре оттуда уволился и занимался хозяйством в своем родовом поместье в Восломе.
Мать Антонина Федоровна, будучи женщиной идеально доброй, никогда никого «ни словом, ни делом не обидела и, мало того, — ей приходилось иногда сглаживать и исправлять те резкости в отношении к людям, которые позволял себе отец», — вспоминал епископ Андрей. Накануне своей кончины значительную часть своего состояния завещала Церкви.
С любовью и признательностью князь Александр вспоминал свою няню, Манефу Павловну, бывшую крепостную, до конца дней жившую в доме Ухтомских: «С ее молитвенного шепота я и выучил свои первые молитвы... Я уже архиереем говорил неоднократно проповеди на темы, заимствованные из мудрых наставлений моей няни».
Окончив пять классов гимназии, князь Александр поступил в 1887 г. в Нижегородский имени гр. Аракчеева кадетский корпус, по окончании которого в 1891 г. принят в Московскую духовную академию. Решению поступать в Академию предшествовала случайная встреча с Иоанном Кронштадтским на волжском пароходе, когда мать Антонина Федоровна везла сыновей на каникулы в родовое поместье. После долгих бесед с Иоанном Кронштадтским на верхней палубе Александр и Алексей приняли одинаковое решение стать священниками.
Будучи студентом духовной академии, Александр часто встречался с отцом Иоанном, вел с ним переписку, а позже вспоминал о нем в своих проповедях и статьях. Учился Ухтомский, судя по всему, средне, но без задолженностей, занимая 33—35-е места в переводных списках курса.
Представив на последнем курсе итоговую работу под названием «О гневе Божием», Александр Ухтомский окончил Московскую Духовную Академию в 1895 году со степенью кандидата богословия. В этом же году 9 ноября назначен преподавателем Казанского духовного училища, пострижен в монашество 2 декабря, а 6 декабря рукоположен во иеромонаха.
В 1897 году - инспектор Александровской миссионерской семинарии, в 1899 году - наблюдатель Казанских миссионерских курсов в сане архимандрита.
4 октября 1907 г. хиротонисан во епископа Мамадышского, викария Казанской епархии и назначен заведующим Казанскими миссионерскими курсами. Хиротонию совершали: архиепископ Димитрий, Назарий, епископ Нижегородский; Митрофан, епископ Пензенский и др. Состоялась хиротония в Благовещенском кафедральном соборе г. Казани.
С 25 июля 1911 г. - епископ Сухумский.
С 22 декабря 1913 г. - епископ Уфимский и Мензелинский. Пользовался большим уважением и любовью православных уфимцев.
Епископ Андрей прибыл в Уфу в середине февраля 1914 года. Вскоре в местном епархиальном вестнике появилась новая рубрика «Письма к пастырям Уфимской епархии». Всего их было напечатано сорок одно, а затем письма вышли отдельными изданиями. Церковь того времени, как говорил в них епископ, не выполняла своих задач, не была способна на это в силу почти полного разложения своей организации от высших до низших звеньев и абсолютного отсутствия деятельности основной единицы церковной жизни — прихода. Если церковь еще была жива, считал епископ, то лишь благодаря отдельным личностям из числа священников и мирян, посвятивших свою жизнь религиозно-нравственному подвигу. В середине девятнадцатого века это славянофилы, в первую очередь Алексей Хомяков и Иван Аксаков, в начале двадцатого — Иоанн Кронштадтский. Среди современников епископ выделял также архиепископа Антония (Храповицкого) и архимандрита Кирилла (Васильева), настоятеля Воскресенского монастыря Новгородской епархии.
Епископ Андрей был одним из немногих иерархов церкви, кто в печати выступал против Г.Е. Распутина, предупреждая царя, что тот ввергнет Россию в беду.
В речи, произнесенной в Уфимском земском собрании в октябре 1915 года, епископ Андрей охарактеризовал положение как бедственное: «…и сверху, и снизу с одинаковой энергией изгонялись все наиболее энергичные, яркие духовные мыслители и деятели... И стали у нас пророчествовать лжепророки… хотя и нет книжников и фарисеев, но зато сидят молчальники, далекие от жизни и не понимающие жизни, а потому и не могущие быть руководителями ее». Чтобы еще более подчеркнуть трагичность положения, он решительно уничижает православных в сравнении со старообрядцами, к которым вообще имел большую склонность, а после революции пытался и присоединиться (пройдя через «миропомазание», о чем будет сказано ниже): «Почему… наши раскольники несравненно устойчивее и сильнее в культурном отношении? Именно потому, что раскольники живут приходскою самоопределяющейся общиною, а наша деревня влачит свое существование только по распоряжению начальства. Раскольническую общину объединяет любимый храм или часовня, а нашу православную деревню объединяла до последнего времени казенная винная лавка…»
Еп. Андрей требовал вмешательства духовенства в общественную жизнь. Он говорил, что священник обязан вносить духовное начало во все сферы жизни прихода, в состав которого должна входить школа, больница, богадельня, библиотека, ремесленное училище и другие учреждения. Именно священник является связующим звеном с внешним за пределами прихода миром и возглавляет приходские отделения общественных организаций государственного масштаба (иными словами, еп. Андрей был сторонником активной общественно-политической деятельности священства). Но обладание подобной духовной властью, полагал еп. Андрей, требует полной самоотдачи и высоконравственной жизни. Значит, священник должен пользоваться абсолютным доверием прихожан, а поэтому, делает он вывод, люди имеют право выбора и смещения своего пастыря. Поэтому он подробно разработал рекомендации акта избрания священников и ввел их повсеместно на территории Уфимской епархии с лета 1916 года.
Еп. Андрей категорически отрицал пресуществление хлеба и вина в Тело и Кровь Христовы. В 1916 г. публикует статью, в которой озвучивает такие тезисы: Термин пресуществление хлеба и вина в истинное Тело и Кровь Христовы в таинстве Евхаристии есть «совершенно не-церковный»: св. Церковь его «не знает», «и всякий старообрядец с глубоким негодованием отверг бы его». Более того, пресуществление — это термин «совсем не-православный», «совершенно непригодный для православия», «чисто-католический», «кощунственный» и, тем не менее, «доселе употребляемый в нашем школьном богословии», «в наших учебниках» и «особенно упорно» поддерживаемый «нашими духовными отцами семинарской обработки». В обширной статье А. Бронзова вскоре были показаны серьезные богословские и исторические ошибки еп. Андрея по вопросу пресуществления, однако владыка их не принял, как и вообще он не склонен был признавать своих ошибок.
Февральскую революцию 1917 года епископ приветствовал, видя в ней возможность освобождения церкви от государственной опеки.
В марте 1917 года епископ отправляется из Уфы в Петроград, затем — в прифронтовую полосу рядом с Двинском (ныне Даугавпилс) и Ригой, служит и проповедует в войсках. Народные настроения производят на него удручающее впечатление. Он видит всеобщее озлобление, духовную опустошенность людей, признаки наступающей анархии.
Вскоре епископа Андрея назначили митр. Петроградским, а затем и включили в новый состав Святейшего Синода. Будучи сторонником выборности духовных лиц, уфимский епископ от перевода отказывается и остается в Уфе.
На московском Государственном Совещании епископ выступил с речью, в которой советовал создать беспартийное «министерство спасения отечества», пообещав, что оно получит благословение открывающегося в августе Всероссийского церковного Собора, а в сентябре 1917 года он высказался за прекращение любых контактов с государственными органами Российской Республики, считая, что ими ведется антицерковная политика. Вскоре он был выдвинут от Уфимской губернии кандидатом в члены Учредительного Собрания.
В мае 1917 г. предлагал старообрядческому собору Белокриницких епископов на Рогожском кладбище в Москве (нынешняя РПСЦ) вступить в молитвенное общение с единоверцами г. Петрограда, но получил отказ.
В 1918 году отлучил от Причастия грабителей чужих имений, написав послание следующего содержания: "Я не могу и не имею права, как епископ молчать и оставлять грабителей без церковного наказания. Всякий грабитель есть оскорбитель святой Церкви, и Церковь на два года отлучает его от святого своего общения, по свящ. канонам. Поэтому и я, как епископ Церкви Уфимский, по данной мне от Господа Иисуса Христа власти вязать и решить грехи человеческие, настоящим посланием своим определяю и объявляю: все воры и грабители, носящие христианское имя и участвовавшие в погроме г. Уфы, отлучаются от св. Причастия на два года; в случае искреннего раскаяния, по усмотрению духовника, отлучаются на один год".
Был членом созданного осенью 1918 Сибирского Временного Высшего церковного управления, руководил духовенством 3-й армии А. В. Колчака.
"Уфимские единоверцы еще в 1919 г. в январе месяце избрали меня в единоверческого старообрядческого епископа Саткинского. С этого времени я уже состою Старообрядческим епископом, и когда Живая Церковь стала господствовать над народом Божиим, нарушая церковные каноны, то я немедленно, без колебаний от нее отрекся", вспоминал еп. Андрей.
После разгрома белых арестован в феврале 1920 году в Новониколаевске (ныне Новосибирск). Осенью выступил с заявлением о лояльности к Советской власти и просьбой об освобождении, вскоре освобожден и уехал в Уфу. Неоднократно подвергался арестам и ссылке.
В 1921 году назначен епископом Томским, но в управление епархией не вступил.
Был арестован в феврале 1922 года "за произнесение проповеди, в которой призывал крестьян организовываться в крестьянские союзы"; этапирован в Москву на Лубянку, где был выпущен на свободу для лечения. В том же году Московский ревтрибунал постановил прекратить дело "за недостатком улик".
В конце ноября того же года, будучи избран общим собранием духовенства и мирян Уфы временно управляющим Уфимской епархией, провозгласил временную автокефалию епархии.
В 1923 году был сослан в Среднюю Азию. Пребывал в Ташкенте, Пенджикенте и Ашхабаде. Оказавшись во время ссылки в тюрьме, он тайно отправляет в 1924 году резко критическое письмо Патриарху Тихону, в котором были такие слова: «Сотни пастырей по явно ложным доносам, по явной клевете арестованы, остались верны своему долгу и томятся в ссылках и тюрьмах. Что же сделали вы, Ваше Святейшество, для оздоровления церковной жизни? Общий голос и епископов и мирян: за год не сделано ничего. Вы окружаете себя архиереями, неизвестными даже для их собственной паствы; вы по-прежнему не знаете никакой программы устроения церковно-общественной жизни; и по-прежнему вся ваша деятельность выливается в торжественное богослужение. Но, Ваше Святейшество, те розы, которыми усыпают ваш путь московские богомольцы, не могут считаться признаком торжества православия и нисколько не успокаивают народной совести».
Возможно, в 1925 г. был возведен в сан архиепископа.
По сообщению митр. Мануила (Лемешевского), с которым согласны митр. Сергий (Страгородский) и современные историки, еп. Андрей «28 авг. 1925 г. перешел в старообрядческий раскол, приняв от них миропомазание, за что патриаршим местоблюстителем митрополитом Петром был запрещен в священнослужении». Митр. Сергий (Страгородский) писал в Уфе в апреле 1926 г., что указом митр. Петра (Полянского) еп. Андрей запрещен в служении «за общение с беглопоповцами и принятие от них помазания миром, за незаконные хиротонии», так что его дело «будет предметом особого суждения православных архиереев».
В Уфимской епархии часть клириков и мирян признали это запрещение, тогда как другие в 1927 г. составили съезд и признали еп. Андрея «архиепископом областной Церкви автономной Башкирской республики».
Еп. Андрей не признал ни этого запрещения, ни вообще церковной власти сщмч. Петра (Полянского) и митр. Сергия (Страгородского): «Я в силу 76 апостольского правила и 23 правила Антиохийского Собора не могу признать передачи управления всею Русскою Церковью по каким-то тайным духовным завещаниям. Эта игра в завещания совсем не канонична... Я не считаю митрополита Петра Крутицкого способным понимать церковную жизнь… Митрополита Сергия, человека крупных способностей, я считаю способным на всякие компромиссы. С распутинцами он был распутинец - без малейших протестов - целых 14 лет. В 1922 году с живоцерковниками он стал живоцерковником, позорно признав ВЦУ и изменив Патриарху Тихону, признал разбойника Варавву».
Вместо этого еп. Андрей сам начал рукополагать множество архиереев, которые составили костяк так называемой Истинно-Православной Церкви; он же является и автором термина "истинно-православные христиане". Неизвестно, с кем совершал он первую хиротонию и кого поставил первым. Из рукоположенных им архиереев остались верными Православной Церкви: Кирилл (Васильев) в схиме Макарий, Николай (Парфенов) "Горбатенький", Трофим (Якобчук), Антоний (Миловидов), Марк (Боголюбов) и Серафим (Афанасьев). Остальные, поставленные им, считаются отошедшими в так называемый Андреевский раскол. «Андреевцы» были решительно настроены и активно полемизировали против митр. Сергия (Страгородского) и обновленцев.
Попытка его присоединиться к старообрядцам оказалась неудачной. В своем сочинении "История моего старообрядчества" еп. Андрей пишет так: "Постановление Высшего церковного совета беглопоповцев от 1 ноября 1925 года и от 23 мая 1926 года приблизительно таково: «Признать единогласно не нашими епископами Андрея Уфимского и Руфина Саткинского потому, что они были приняты быв. архимандритом Климентом неправильно и не согласно канонических правил, и не вступать с вышеназванными епископами ни в какое церковное общение»". Неочевидно, был ли он в общении со старообрядцами РПСЦ. Похоже, что он обращался к ним с просьбой о переходе, но они ему отказали. Однако "Историю моего старообрядчества" еп. Андрей посвящает все-таки старообрядческому белокриницкому епископу "святителю Геронтию".
В конце 1926 года епископ Андрей возвращается в Уфу, причем к нему идут толпы людей. Осенью 1927 года арестован в Москве и выслан в Казахстан, в Кзыл-Орду. Вновь арестован 4 октября 1928 года и препровожден в Ярославль, где в местном изоляторе отсидел в одиночной камере три года (до 7 октября 1931 г.). После освобождения уехал в Москву. Вновь арестован и сослан 1 апреля 1932 г. в Алма-Ату.
Расстрелян 4 сентября 1937 года в Ярославской тюрьме по решению "тройки" Управления НКВД Ярославской области.
Реабилитирован гражданскими властями в 1989 году.
Прославлен в лике св. Новомучеников и Исповедников Российских Архиерейским Собором РПЦЗ в 1981 г. В 1993 г. еп. Григорий (Граббе) ставил вопрос о его деканонизации, но решение об этом так и не было принято.