Родился 8 сентября 1870 года в селе Большая Брембола Переславского уезда Владимирской губернии в семье священника. Брат Михаила Смирнова — основателя Переславского музея и племянник епископа Митрофана (Загорского). Учился в Переславском духовном училище у протоиерея А. И. Свирелина, в Вифанской духовной семинарии, затем в Московской духовной академии у профессоров Е. Е. Голубинского и В. О. Ключевского.

В 1896 году с выходом проф. Голубинского на пенсию зачислен в штат кафедры истории Русской церкви. Магистр богословия, диссертация «Духовный отец древней восточной церкви (История духовничества на Востоке). Ч. 1 (Период Вселенских соборов)» (Сергиев Посад, 1906). Доктор церковной истории (1914), степень присуждена за книги «Древнерусский духовник» (М., 1913); «Материалы для истории покаянной дисциплины» (М., 1912). Профессор с 1914 года.

В июне 1916 года по болезни вышел в отставку и умер 4 (17) июля 1916 года.

Являлся членом Владимирской учёной архивной комиссии (с 1900), действительным членом Московского общества истории и древностей российских (с 1912), действительным членом Московского общества истории литературы.