C 1900 по 1918 занимал различные должности в Александро-Невском училище и Санкт-Петербургской духовной академии. Преподавал русский и церковнославянский язык, был смотрителем Александр-Невского училища, доцентом, профессором на кафедре Священного Писания Нового Завета и инспектором СПбДА.

Основной труд профессора С.М. Зарина – «Аскетизм по православно-христианскому учению», является магистерской диссертацией. Диссертация была защищена в 1907 году. Работа переиздавалась в 1996 и 2006 гг, в Москве и Киеве соответственно. По словам проф. А.И. Сидорова этот труд «является в действительности органичным синтезом филологии, богословия, библиологии и патрологии».

В 1922 примкнул к обновленчеству, был активным его деятелем. Участвовал в обновленческих "соборах".

Большая часть работ Зарина посвящена библеистике и аскетике. Основные публикации приходятся на время его пребывания в канонической Церкви (до перехода в обновленчество) и уже тогда получили высокую научную оценку.