Родился в семье священника. Окончил Курскую духовную семинарию (1841), Киевскую духовную академию со степенью магистра богословия (1845). Почётный член Казанской духовной академии (1898).

С 1845 года – преподаватель богословских наук и помощник ректора Курской духовной семинарии.

29 июля 1848 года был пострижен в монашество. 6 августа 1848 года возведён в сан иеромонаха.

С 21 декабря 1851 года – инспектор и профессор логики и психологии Литовской духовной семинарии.

23 января 1856 года возведён в сан архимандрита.

С 4 декабря 1859 года – инспектор и профессор богословских наук Казанской духовной академии.

С 31 марта 1864 года – ректор Харьковской духовной семинарии.

С 30 июля 1872 – епископ Сумской, викарий Харьковской епархии. Редактировал журнал «Духовный дневник».

С 1876 года, одновременно, председатель вновь открытого комитета Православного миссионерского общества в Харькове.

С 9 апреля 1883 года – епископ Кинешемский, викарий Костромской епархии. Жил в Ипатьевском Костромском монастыре.

Также являлся настоятелем Игрицкого монастыря, расположенного недалеко от Костромы, председателем Костромского отдела и почётным членом Императорского Православного Палестинского общества. В Костромской епархии была учреждена стипендия имени епископа Вениамина для бедных учеников Костромской духовной семинарии и других духовных учебных заведений.

Похоронен в Богословской церкви, что в Ипатьевской слободе Костромы.