Никифор (в миру Николай) Феотокис, родился на острове Керкира. Происходил из старинной греческой фамилии Феотоки, родоначальником которой был некий Георгий Феотоки, переселившийся, по взятии Константинополя турками, из Византии на остров Корфу. Отца его звали Стефаном, мать Анастасией.
Первоначальное образование получил под руководством местного учителя иеромонаха Иеремии (Кавадии), содержавшего частную школу на Корфу.
На пятнадцатом году жизни Николай был посвящен в звание церковного чтеца и пробыл в этой должности около полугода, затем отправился в Италию для продолжения образования и поступил в греческую гимназию в Патавии, устроенную греческой купеческой колонией для греческого юношества. Там он учился грамматике, риторике, пиитике, логике, философии, богословию, математике и физике, а также искусству красноречия. Отсюда Никифор поступил в Болонскую академию, где завершил образование математическое, богословское и философское. Наконец, в 1748 году, с обширным запасом научных познаний, он вернулся на родину и решил посвятить себя служению церкви.
Постриженный в монашество с именем Никифор, был произведен сначала во иеродиакона, а потом, в июле 1754 года, — в иеромонаха. В средине 1758 г. устроил свою собственную школу, где преподавалась греческая и итальянская литература, грамматика, география, риторика, физика, математика, философия. Деятельность Никифора приобрела ему огромную популярность, которая еще более увеличилась, когда он выступил в роли проповедника, заняв место настоятеля церкви св. Иоанна Предтечи.
В 1765 г. Никифор переселился в Константинополь. Патриарх Самуил II назначил его проповедником Великой церкви.
В 1776 году, по приглашению своего соотечественника Евгения (Вулгариса), архиепископа Славянского и Херсонского (епископская кафедра, находившаяся в Полтаве) прибыл в Россию. В 1779 году, после отставки Булгариса, сам стал архиепископом Славянским и Херсонским. В конце 1786 года из Полтавы Никифор был перемещён в Астрахань, на должность архиепископа Астраханского и Ставропольского.
Начиная с 1780 года, Никифор взаимодействует со старообрядческими общинами с целью достижения компромисса по методу Д. Сеченова, впервые распространившего эту практику: дозволение службы по старому обряду, но признавая авторитет православной церкви. В последующие два десятилетия этот компромисс распространился на всю страну, будучи утвержден московским митрополитом Платоном под называнием «единоверие».
В 1792 году архиепископ Никифор, по слабости сил, просил об увольнении на покой. Просьба его была удовлетворена и ему был предоставлен в управление московский Данилов монастырь, где он и оставался до кончины, последовавшей 31 мая 1800 г.
Никифора (Феотокиса) биографы называют замечательным математиком, глубокомысленным богословом, «славой Греции». Помимо богословских сочинений, принесших ему широкое признание полемиста и проповедника, его перу принадлежат: «Физика» (в двух томах), изданная в 1766–1767 гг. и сделавшаяся учебным руководством во всех греческих гимназиях, и «Начальные основания чистой математики» (в трех томах), изданные в Москве в 1798–1800 гг.
