В миру Дородницын Анемподист Яковлевич, родился 2 ноября 1859 года в селе Успенском Славяносербского уезда Екатеринославской губернии в семье дьячка.
Обучался в Екатеринославской духовной семинарии и Московской духовной академии, которую окончил в 1885 году со степенью кандидата богословия и с правом получения степени магистра без нового устного испытания.
В 1886 году был назначен на должность учителя в Херсонское духовное училище и вместе с тем с июня 1890 г. состоял противоштундистским миссионером г. Херсона.
В 1890 году представил в Совет Московской Академии на соискание степени магистра богословия сочинение: "Церковно-законодательная деятельность Карла Великого". После защиты диссертации в 1891 году утвержден Св. Синодом в ученой степени магистра богословия.
В 1892 году назначен помощником смотрителя Бахмутского духовного училища, а с сентября 1894 г. был перемещен на должность епархиального миссионера Екатеринославской епархии.
В сентябре 1901 г. назначен преподавателем Черниговской духовной семинарии по Обличительному богословию, истории и обличению раскола и местных сект.
Овдовел.
15 марта 1902 г. пострижен в монашество с именем Алексия.
7 апреля 1902 г. рукоположен во иеромонаха и назначен инспектором Ставропольской духовной семинарии.
5 сентября 1903 г. назначен ректором Литовской духовной семинарии с возведением в сан архимандрита.
30 мая 1904 г. хиротонисан во епископа Сумского, викария Харьковской епархии. Хиротонию в Харьковском кафедральном соборе совершали: архиепископ Харьковский Арсений (Брянцев), епископ Таврический Николай (Зиоров), епископ Екатеринославский Симеон (Покровский) и другие.
18 июля 1905 г. был назначен епископом Елисаветградским, викарием той же Херсонской епархии.
27 августа того же года назначен епископом Чистопольским, первым викарием Казанской епархии.
5 сентября того же года был назначен ректором Казанской духовной академии.
В марте 1910 г. утвержден Св. Синодом в степени доктора Церковной истории за работу на тему: "Религиозно-рационалистическое движение на юге России во второй половине XIX-го столетия", с приложением к нему тома: "Материалов для истории религиозно-рационалистического движения на юге России во второй половине XIX-го столетия".
17 января 1912 г. назначен епископом Саратовским и Царицынским, где повел борьбу с лжеучением иеромонаха Илиодора (Труфанова). В этом же году епископу Алексию было присвоено звание почетного члена общества вспомоществования недостаточных студентов Казанской духовной академии.
Осенью 1913 года вошел в состав вновь учрежденной особой междуведомственной комиссии по вопросу о преобразовании духовных учебных заведений.
В 1913 году опубликовал одну из самых известных своих работ «Мораль Талмуда». Академическим языком с использованием подлинных источников он проанализировал моральные нормы Талмуда, показав его фундаментальную антихристианскую направленность.
30 июля 1914 г. назначен на Владимирскую и Суздальскую кафедру с возведением в сан архиепископа.
Заботясь о призрении вдов и сирот духовенства, преподал настоятелям церквей Владимирской епархии ряд указаний по этому вопросу.
Имел репутацию монархиста, приветствовал Нижегородское Всероссийское Совещание уполномоченных монархических организаций и правых деятелей 26—28 ноября 1915 года (Нижегородское совещание) и прислал на него свой доклад.
Весной 1917 года съездом епархиального духовенства был забаллотирован при избрании правящего архиерея за "деспотическое" управление и дерзкое обращение с духовенством (обычная мотивировка удаления консервативных архиереев), а также в дружбе с Г. Е. Распутиным, которому он подарил книгу с посвящением «великому старцу». Из-за близости к Г. Е. Распутину его даже не пытались защитить члены Св. Синода, никакую другую кафедру ему не предложили.
В 1918 году уехал уехал в Екатеринослав (Днепропетровск), затем в Киев, где поселился в Киево-Печерской лавре и выступил против митр. Владимира (Богоявленского), поддерживая местных автокефалистов.
Возглавил Всеукраинскую церковную раду. Назначенные Церковной радой епархиальные комиссары требовали, чтобы в храмах вместо свт. Тихона (Беллавина), патриарха Московского, поминалась Церковная рада во главе с архиеп. Алексием. После приезда в Киев с Поместного Собора РПЦ 1917-1918 гг. митр. Владимира (Богоявленского) вл. Алексий, самовольно водворившийся в лавре по соседству с митрополитом, настраивал братию против своего архипастыря и священноархимандрита.
Когда для подготовки к созыву Всеукраинского церковного Собора в Киев прибыли митр. Платон (Рождественский), митр. Антоний (Храповицкий), архиеп. Евлогий (Георгиевский), сщмч. Владимир просил их вразумить архиеп. Алексия, но тот продолжал свою раскольническую деятельность. На Соборе, открывшемся 7 января 1918 г. в Киеве, он вместе со свящ. Марычевым возглавил группу автокефалистов, но попытка раскола не удалась. На нем лежит доля вины за гибель сщмч. Владимира (+ 25 января 1918), против которого он сумел настроить значительную часть лаврских насельников.
После смерти митрополита Киевского был запрещен в священнослужении.
Незадолго до смерти, оказавшись впоследствии на территории, занятой Добровольческой армией, принес покаяние в содеянных преступлениях.
Скончался в декабре 1919 года в Новороссийске. Отпевание совершил архиеп. Евлогий (Георгиевский), который в своих воспоминаниях дал ему в целом негативную характеристику.
