Различаются в значении. Конъюнкту́ра. Создавшаяся в какой-либо области обстановка; ситуация. Зло определяется конъюнкту́рой, спросом, функцией его носителя. Кроме того, фактором случайности. Неудачным стечением обстоятельств. (С.Д. Довлатов)
Конъекту́ра. Восстановление испорченного текста на основании догадок. Рабочие конъекту́ры преобразованы при редактировании в элементы цельного текста.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 278.