Различаются значением.
Начи́ненный. Разговорное. Начи́ненные про запас карандаши.
Начинённый. Начинённый капустой пирог.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 373.
о православном христианстве
Различаются значением.
Начи́ненный. Разговорное. Начи́ненные про запас карандаши.
Начинённый. Начинённый капустой пирог.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 373.