Совпадают в значении действия, но различаются стилистически: нумера́ция — нейтр, нумерова́ние — книжн., нумеро́вка — разг. Нумера́ция (нумерова́ние, нумеро́вка) страниц рукописи.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 406.