Совпадают в знач. «выбрать, отделяя по какому-л. признаку», но различаются стилистически и сферой употребления: отбор — нейтр., отборка — разг. и спец. Отбо́р фактов. Сортировка и отбо́рка древесины. Упорным трудом, тщательным отбо́ром типичного Пушкин создал свою мудрую простоту (Панферов). Занявшись отбо́ркой музейных материалов, мы остались на берегу последними (Соколов-Микитов).
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 444.