Различаются значением.
Перенаселе́ние. Избыток населения. Относительное перенаселе́ние в отдельных странах.
Перенаселённость. Свойство-качество чего-л. характеризующегося избытком населения. Перенаселённость квартиры.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 478.