Совпадают в знач. «простояв слишком долго, испортиться», но различаются стилистически: перестоять — нейтр, перестояться — разг. Солома перестоя́ла, перемокла и пересохла на корню (Медынский). Пирог уже перестоя́лся (Чернышевский).
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 482.