Совпадают в знач. «высыпание в другое место» и «насыпание чего-л. между чем-л.», но различаются стилистически (пересыпа́ние — нейтр., пересы́пка — разг.) и сферой употребления (пересыпа́ние — общеупотр., пересы́пка — спец.). Пересыпа́ние (пересы́пка) зерна в закрома. Пересыпа́ние (пересы́пка) вещей нафталином.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 483.