Совпадают в знач. 1. Обработанная особым образом кожа животного, служившая до изобретения бумаги материалом для письма. 2. Древняя рукопись.
Различаются сферой употребления: пергамент — общеупотр., пергамен — спец.
Только пергамент употр. в знач. «плотная, прочная, не пропускающая жиров и влаги бумага».
«А уж в этом ящике и лежала грамота от горочью, в ответ на письмо из России, писанная на золоченой, толстой, как перга́мент, бумаге и завернутая в несколько шелковых чехлов» (Гончаров И. А. «Фрегат «Паллада»).
«Кроме того, материалом, на котором писали, служил перга́мен – специальным образом выделанная кожа домашнего скота» (Левкиевская Е. Е. «Мифы и легенды восточных славян»).
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 469.