Различаются значением.
Предпочте́ние. 1. Признание преимущества перед кем-, чем-л. Что за странное предпочте́ние губернской службы столичной? (Герцен). 2. Преимущественное внимание, уважение. Каждому хотелось усадить его рядом с собою, а он шутливо разводил руками, не зная, кому отдать предпочте́ние (Кетлинская).
Предпочти́тельность чего. Свойство чего-либо по значению прилагательного «предпочтительный». Предпочти́тельность принятых мер.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 537.