Совпадают в значении «покрыться копотью, пропитаться дымом», но различаются стилистически: прокоптиться — нейтр., прокоптеть — прост. Потолок прокопти́лся (прокоптел).
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 567.