Различаются значением. Сепаративный. Проникнутый сепаратизмом. Сепарати́вные тенденции.
Сепарати́стский. Относящийся к сепаратизму, к сепаратистам. Сепарати́стское движение. Сепарати́стские взгляды.
Сепара́тный. Отдельный, обособленный от других. Сепара́тный мир.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 642.