Батюшка, видимо, не совсем понял определение Синода, где крестить дозволялось с именами святых, почитаемых в любой Православной Церкви.
В вашем случае вы можете в записке написать рядом с именем (крещёная), а лучше всего носить с собой свидетельство о Крещении, чтобы устранить любые сомнения.
Если человек был крещен с таким именем, значит с этим именем его и надо поминать и причащать. Но придется пояснять теперь каждому, что крестили с этим именем. В записках пишете в скобках, что человек крещеный.
Традиция называть детей в крещении в честь святых, пользуясь для выбора имени святцами - далеко не повсеместная традиция. Но повсеместно распространенная в Русской Церкви. Отсюда и такие казусы с записками и поминанием. Раз крестили Витой, то так и должно писать в записках и так поминать. Просто ставьте рядом с именем пометку «так крещена» и объясняйте в свечной, где эту записку принимают.