Отец ребёнка был очень образованным человеком, профессором-биологом, очень любил музыку, литературу и архитектуру. Сергей Васильевич знал лично многих поэтов «Серебряного века», читал сыну по латыни и воспитывал в нём любовь к слову.
Несмотря на все заботы родителей, Серёжа часто болел и до 5 класса в школу почти не ходил. Это обстоятельство способствовало тому, что печать эпохи не оставила на его детстве свой суровый след. Собеседниками мальчика были друзья отца – люди, не вписавшиеся в новый строй, «из бывших», как их часто называли, – и дореволюционные книги.
Семья Аверинцевых жила в коммуналке, в комнате в 30 м2, но это был особый мир. «Я, подросток, – писал Сергей Сергеевич, – воспринимал дверь той единственной комнаты в многосемейной коммуналке, где со мной жили мои родители, как границу моего отечества, последний предел достойного, человечного, обжитого и понятного мира, за которым – хаос, “тьма внешняя”».
К 14-ти годам Сережа Аверинцев уже определился с будущей профессией, ей стала «старомодная» классическая филология (изучение древних языков и античной литературы). В 1956 году будущий великий ученый поступил на филологическое отделение Московского университета, где познакомился со своей будущей женой. Талант юного студента был вскоре замечен, и после окончания университета Аверинцев поступил в аспирантуру.
В 1967 году Сергей Сергеевич защитил кандидатскую диссертацию «Плутарх и античная биография: к месту классика жанра в истории жанра». Появление этой работы стало настоящим событием в научном мире, а ее автор оказался в центре культурного процесса страны.
В 1969 году в стране Советов начинается что-то типа контрреволюции, Аверинцев читает на историческом факультете МГУ курс по византийской эстетике, то есть, открыто с трибуны говорит о Боге.
Священник Георгий Чистяков вспоминал: «Сергей Сергеевич был первым в Москве человеком, в своих университетских лекциях открыто заговорившим о Боге. Осенью 1970 года он читал их по субботам в новом тогда здании на Воробьёвых горах в огромной аудитории, где тогда яблоку было негде упасть. Его византийская эстетика, основанная на самом высоком и в высшей степени профессиональном филологическом анализе, была в то же время настоящей проповедью Слова Божьего и христианской веры. Каждому слушателю из этих лекций сразу становилось ясно, что лектор не просто знает Евангелие и святоотеческую традицию, но сам верит в Бога».
Однако удивительно то, что сам Сергей Сергеич в ту пору был ещё не крещёным человеком. Аверинцев крестился вместе с супругой в 1973 году. Для него это событие было «не началом пути, а завершением».
Наталья Петровна вспоминала: «Мы крестились вместе в Москве на частной квартире. В церкви требовали паспорт, это немедленно оказывалось известным на работе, меня немедленно выгнали бы из университета. В академических институтах еще как-то терпели, что человек ходит в церковь, но если он работал со студентами, значит, он может оказать на них “дурное влияние”». Тем не менее, каждое воскресенье Аверинцевы старались быть в церкви.
С 1969 по 1992 год Аверинцев работал в Институте мировой литературы АН СССР, а с 1981 года возглавлял сектор античной литературы, неустанно трудясь, чтобы отечественный читатель смог познакомиться с большим числом ранее неизвестных текстов.
В 1989-1991 депутат Верховного Совета СССР, разрабатывал закон о свободе совести.
Годы «перестройки» внесли значительные перемены в жизнь Аверинцева. Были опубликованы ранее запрещенные работы, создавались новые – уже свободные от давления дамоклова меча советской цензуры.
Внешний успех деятельности Сергея Аверинцева был неоспорим: каждое его выступление становилось общественным событием. Он стал обладателем многочисленных почетных званий и премий и вошел в мировую культурную элиту (стал членом Всеобщей академии культуры (Париж), Европейской академии (Лондон), Папской академии общественных наук (Рим)).
С роспуском депутатского корпуса в конце 1991 года началась новая эпоха в истории страны. Однако для мирового ученого эти события совпали с резким ухудшением здоровья: он перенёс обширную операцию на сердце и был вынужден «жить рядом со своим врачом». В конце 1994 года Аверинцевы переехали в Вену. Здесь его пригласили преподавать русскую литературу. Сергей Сергеевич продолжал участвовать в работе Института мировой культуры МГУ и исполнять свои обязанности члена нескольких европейских академий. Не прекращалось участие в международных конференциях в разных городах Европы.
29 апреля 2003 года, за четыре дня до последнего сразившего его удара, Сергей Сергеевич рассказывал, что в Вене в его университете студенты пишут доносы на профессоров. Он прочитал, что одна студентка о нем написала, – два недостатка: 1) совершенно не понимает значения феминистского движения и 2) часто говорит непонятно. Сам Сергей Сергеевич любил повторять слова, ставшие его кредо: «Мы не имеем права на отчаяние, ведь правда? Раз уж мы взялись. Раз уж мы дали слово».
3 мая 2003 года в Риме во время конференции «Италия и Петербург» с ним случился обширный инфаркт. В сознание он уже не приходил. За девять месяцев лучшие врачи Рима, Инсбрука и Вены не смогли вывести его из коматозного состояния.
21 февраля 2004 года Сергей Сергеевич Аверинцев скончался в своей венской квартире. Согласно завещанию, прах его был погребен в Москве на Даниловском кладбище рядом с прахом его родителей.