Учился в Киево-Софийском духовном училище, Киевской духовной семинарии и, в 1859-1863 годах, в Киевской духовной академии. После выпуска был священником церкви Спаса на Берестове, с 1890-го – протоиерей храма Александра Невского.

К.И. Фоменко – кандидат богословия, автор множества работ в области религии, истории и педагогики. Кроме выполнения обязанностей настоятеля церкви, Климент Иоанникиевич преподавал в Четвертой Киевской гимназии, состоял членом Императорского Православного Палестинского Общества, вел большую общественную работу. За особые заслуги перед Церковью ему было даровано право ношения митры.

К сожалению, сведений о жизни этого замечательного человека после 1914 года не имеется.