Ни яйцо, ни тем более его скорлупа, не является святыней. Это просто еда и ее отходы. Поэтому утилизируется обычным образом. Для того, чтобы свести на нет Ваши сомнения, напомню, что мы ежедневно благословляем пищу крестным знамением и молитвой, при этом ее отходы спокойно утилизируем.
Поскольку яйца не освящают, а только благословляют к употреблению после поста, они не являются святыней. Поэтому ответ простой: утилизировать как обычные отходы.