Видимо, Вы имеете в виду вариант вроде "Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй раба Твоего имярек". Конечно, препятствий нет.
При этом не забывайте и про обычные формы поминовения усопшего: чтение Псалтири, церковные записки, панихиду, раздаяние милостыни и проч.
Спаси Господи. Это то, что хотелось узнать.