Совпадают в значении «письменный знак, надпись, отметка». Поме́ты (поме́тки) на полях книги.
Только помета употр. как лингвистический термин «специальное указание на какие-л. признаки слова». Стилистическая поме́та. Грамматическая поме́та.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 519.