Совпадают в значении «ковыряя, царапая, содрать», но различаются стилистически: сковырнуть — разговорное, сковырять — просторечное. Сковырну́ть (сковыря́ть) болячку.
Розенталь Д. Э. Теленкова М. А. Словарь трудностей русского языка. М.: Айрис-Пресс, 2003. С. 651.